После опубликования в научной печати результатов клинических исследований Пирогова над эфиром ему была предоставлена возможность проверить свои наблюдения на Кавказе — в обстановке войны. «В июле 1847 года, — пишет он в своей краткой автобиографии, — я участвовал при осаде крепостного аула Салты; осада продолжалась целых 6 недель, были постоянно ночные вылазки, подкопы, штурмовали также одну часть аула; все это доставило несколько сотен раненых, и тогда у всех, требовавших операционного пособия, я употреблял эфирование моим прибором per os и per rectum (через рот и прямую кишку) в первый раз на поле сражения. И на первый же раз употреблена была мною неподвижная крахмальная повязка на поле сражения в сложных переломах конечностей». Много лет спустя после своей кавказской поездки Николай Иванович с гордостью вспоминал: «Благодеяния анестезирования и этой повязки в военно-полевой практике дознаны были нами на деле прежде других наций». Профессор Левшин через 50 лет после опытов Пирогова писал, что, сравнивая статью знаменитого хирурга, написанную в 1847 году, с сочинениями «последнего времени» об анестезирующих средствах, можно убедиться, как мало оставили исследования Николая Ивановича существенных пробелов в разъяснении действия эфира на животный организм. Автор добавляет, что никто из военных хирургов 40-х годов XIX столетия не решался подвергать раненых наркозу во время операций на театре военных действий.
Когда в Петербурге свирепствовала в 1848 году холера, Пирогов образовал в своей клинике особое отделение для холерных больных; в течение 6 недель он сделал около 800 вскрытий и результаты своих наблюдений изложил по-русски и по-французски в нескольких работах о патологической анатомии азиатской холеры. Этот труд Удостоен Академией наук большой Демидовской премии.
Среди многих ученых трудов Пирогова в петербургский период его деятельности особо выделяются; «Полный курс прикладной анатомии человеческого тела» (1843–1845); «Анатомические изображения наружного вида и положения органов, заключающихся в трех главных полостях человеческого тела» (1850); «Топографическая анатомия распилов через замороженные трупы» (1851–1854); «Операция вылущения стопы», т. н. остеопластическая операция Пирогова (1854); «Клиническая хирургия» (1854). Работы Пирогова печатались по-русски, по-французски, по-немецки и по латыни, переиздавались по нескольку раз и долгое время служили учебными руководствами не только в России, но и за границей.
«Курс прикладной анатомии» еще до окончания его был награжден Академией наук Демидовской премией по представлению знаменитого академика К. М. Бэра. В отзыве Бэра отмечалось, что «Курс» Пирогова — «подвиг истинно труженической учености, потому что автор предположил себе целью заново переисследовать и в точности изложить весь состав так называемой описательной анатомии и именно в отношении к практической медицине. Мы находим в таблицах точность и полноту исследования, верность и изящество изложения, остроумный взгляд на задачи, которые обеспечивают этому творению прочное достоинство в обширной и, в последние три столетия, столь богатой изображениями литературе анатомии; вообще мы не знаем сочинения по этой части, которое могло бы равняться или превосходило бы труд нашего соотечественника… Придает этому сочинению высшее достоинство в отношении к самой науке точное исследование предметов, которые доныне оставались менее уваженными или вовсе запущенными, по той причине, что точнейшее их рассмотрение почиталось малозначащим… Прикладная анатомия г. Пирогова есть важное по своему плану, совершенно оригинальное и самостоятельное творение; отвергнув от себя ограниченную задачу, удовлетворять только отечественной потребности, оно выступает на всемирное поприще литературы в полном уверении стяжать себе и на нем самое почетное имя; такой подвиг, в успешном довершении которого нет сомнения, не может быть отличен ничем иным, как полным венком, это само собою разумеется».
Основную мысль своей «Топографической анатомии распилов чрез замороженные трупы» Пирогов впервые изложил в 1850 году на заседании общества петербургских врачей его имени. Профессор Н. Ф. Здекауер оставил современную запись этого сообщения Николая Ивановича: «Профессор Пирогов показал несколько анатомических поперечных сечений грудной полости и ее органов. Этими сечениями стал заниматься наш знаменитый анатом в продолжение зимы. С целью представить наиточнейшим образом положение и взаимное отношение органов и тканей человеческого тела, он начал замораживать трупы и особою пилою распиливать послойно в поперечном к точному отвесу тела направлении замерзшие, как камень, части.