Ереси преследовались в это время с большим рвением, хотя и не всегда успешно. Правда, альбигойцы, манихейская секта на юге Франции, были совершенно уничтожены во время крестового похода против них в 1209 г. Однако другие еретические движения уцелели. Инквизиция, установленная в 1233 г., так и не смогла полностью подавить иудеев в Испании и Португалии. Вальденсы, движение конца XII в., предвосхитившее Реформацию, последовали за своим вожаком Пьером Вальдо в изгнание из Лиона в альпийские долины Пьемонта, на запад от Турина, где до сегодняшнего дня сохранились в виде протестантских франко-говорящих общин. Вальденсы - течение в христианстве, основанное лионским купцом Пьером Вальдо (ок. 1177). Их назвали поэтому "лионскими бедняками". Они настаивали на честном следовании идеям "Нагорной проповеди" Христа, критиковали роскошь верхов и проповедовали нравственную чистоту. Первые предшественники протестантизма, предлагавшие выборы священников общинами. Впоследствии слились с таборитами и "моравскими братьями", подготовив Реформацию XVI в. В свете таких событий можно было бы предполагать, что последующие поколения научатся тому, что нельзя так просто убить идеи методами "охоты на ведьм". Но история, кажется, показала, что этот урок так ничему и не научил людей.
Несмотря на чрезвычайно прочное положение церкви, XIII в., как мы видим, не был периодом ее бесспорного преобладания даже в чисто церковных вопросах. Но если церковь в целом не отвечала принципам ее основателя, то внутри нее возникли два ордена, которые поначалу отчасти восстановили равновесие. Как доминиканцы, так и францисканцы сначала следовали предписаниям своих основателей: святого Доминика (1170-1221) и святого Франциска Ассизского (1181-1226). Эти ордены были задуманы и созданы как нищенствующие, но обет бедности недолго отягощал их. И доминиканцы, и францисканцы стали выдающимися мастерами в делах инквизиции. Эта организация, к счастью, не распространила свое влияние на Англию и Скандинавию. Похоже, одно время предполагалось, что жертвы подвергаются пыткам в их же интересах, с той точки зрения, что временные страдания здесь, на земле, могут спасти душу от вечного проклятия. Тем не менее практические соображения, без сомнения, иногда помогали укрепить набожные намерения судей. Англичане не были против, видя, как разделались с Жанной д'Арк. Однако члены орденов Доминика и Франциска, вопреки тому, что желали их основатели, стали посвящать себя ученым занятиям. Альберт Великий и его ученик Фома Аквинский были доминиканцами, а Роджер Бэкон, Дунс Скот и Уильям Оккам принадлежали к францисканскому ордену. Именно в области философии они внесли действительно ценный вклад в культуру того времени.
Если до этого времени церковники черпали философское вдохновение в основном из неоплатонизма, то XIII в. увидел триумф Аристотеля. Фома Аквинский (1225-1274) пытался основать католическое учение на философии Аристотеля. Конечно, сомнительно, насколько такое предприятие может быть успешным, если идти чисто философским путем. С одной стороны, теология Аристотеля совершенно не согласуется с представлением о Боге, предпочитаемом христианами. Но нет сомнения, что как философское влияние внутри церкви аристотелизм Фомы Аквинского приобрел значение догмы. Томизм стал официальным учением римско-католической церкви, и его изучают во всех ее колледжах и школах. Никакая другая философия не имеет сегодня такого прочного положения и такой мощной поддержки, кроме диалектического материализма, являющегося официальным учением коммунистов. Во времена Фомы Аквинского его философия, конечно, не сразу достигла такого привилегированного положения. Но в последующем, по мере того как его авторитет укреплялся, основной поток философии постепенно стал вновь уходить в светское русло, возвращаясь к духу независимости, который наполнял философию древних.