Каждая монада - это субстанция, все они качественно различны и занимают различные места в пространстве. Строго говоря, неверно, что монады имеют различные позиции, поскольку они - внепространственно-вневременные сущности. Пространство и время - это чувственные явления. Они - не материальны. Их реальность заключается в расположении монад, каждая из которых имеет свою точку отсчета. Каждая отражает Вселенную немного отличным от других образом, и среди монад нет двух абсолютно одинаковых. Если две монады абсолютно одинаковы, значит, они в действительности просто одно и то же. В этом значение принципа Лейбница о тождестве неразличимого. Таким образом, говоря приближенно, не имеет смысла утверждать, что две монады могут различаться только положением.
Диаграммы из статьи Лейбница о дифференциальном исчислении (1684).
Поскольку все монады различны, мы можем расположить их в порядке согласно четкости, с которой они отражают мир. Каждый предмет состоит из совокупности монад; человеческое тело точно так же, но в нем преобладает монада, которая выделяется ясностью видения мира. Эта привилегированная монада есть то, что более точно следует назвать душой человека, хотя в более широком смысле все монады - это души, и все они нематериальны, неразрушимы и, следовательно, бессмертны. Преобладающая монада, или душа, отличается не только большей ясностью своего восприятия мира, но также и тем, что она таит в себе цель, ради которой функционирует в духе предустановленной гармонии. Все во Вселенной происходит по достаточной причине, но допускается свободная воля, поскольку в ней заключается причина, почему действия людей не обладают строжайшей логикой необходимости. Бог также пользуется этим видом свободы, хотя он не волен нарушать законы логики. Учение о свободе воли, которое сделало Лейбница приемлемым там, где Спиноза мог быть отвергнут, - это действительно нечто вечное для систематического обоснования в терминах монад.
Что касается вечного вопроса о существовании Бога, то Лейбниц дает полное объяснение основных метафизических доказательств, которые мы уже приводили. Из четырех доказательств первое - это онтологический аргумент святого Ансельма, а второй - это форма аргумента от первой причины, известной еще Аристотелю. Третье доказательство - из необходимой истины: требуется существование божественного разума, и, наконец, мы имеем доказательство от предустановленной гармонии, которое в действительности является видом вероятностного доказательства. Со всеми этими доказательствами мы уже имели дело и показали, в чем их слабость. Кант резко отрицал возможность теоретического доказательства бытия Бога. Что касается теологии, то следует помнить, что Бог в метафизике - это род заключительного аргумента в учении о природе вещей. Он не взывает к эмоциям и не связан с библейским Богом. Кроме неотомистов, теологи, как правило, уже не опираются на понимание божественной сущности, свойственное классической философии.
Метафизика Лейбница в какой-то мере была вдохновлена новыми открытиями, сделанными благодаря изобретению микроскопа. Левенгук(1632-1723) открыл сперматозоиды, и было показано, что капля воды полна маленьких организмов. Это был целый мир, только меньшего масштаба, чем мир обычный, который мы видим каждый день. Новые сведения вели к представлению о монадах как о конечных непротяженных метафизических сущностях. Новое исчисление с его бесконечно малыми величинами, кажется, указывало на то же самое. Для Лейбница была важна органическая природа этих конечных составляющих. В этом он отходит от механистического взгляда, который был представлен Галилеем и картезианцами. Несмотря на трудности, это привело Лейбница к открытию принципа сохранения энергии в одной из его ранних форм и к принципу наименьшего действия. В целом же развитие физики следовало в это время галилеевским и картезианским идеям.