За эти годы в Париже он еще раз присоединился к кружку Мерсенна и встретился с Декартом. Будучи сначала в приятельских отношениях с эмигрантами-роялистами из Англии, включая будущего короля Карла II, он поссорился со всеми, когда опубликовал в 1651 г. "Левиафана". Его друзьям-роялистам не понравилось научное и беспристрастное обращение с проблемой лояльности, в то время как французское духовенство возражало против его антикатолицизма. Поэтому он снова решил спасаться бегством, на этот раз в противоположном направлении, назад в Англию. Он подчинился Кромвелю и отошел от политической жизни. Именно в это время Гоббс оказался вовлечен в полемику о квадратуре круга с Уоллесом из Оксфорда в качестве оппонента. Восхищение Гоббса математикой было больше, чем его познания в этой науке, и профессор с легкостью победил в этом споре. Впрочем, Гоббс продолжал полемизировать с математиками до конца жизни.
После Реставрации Гоббс вновь приобрел расположение короля и даже получил пенсию в 100 фунтов стерлингов в год, дарование столь же великодушное, сколь и ненадежное (в плане выплаты). Но когда после чумы и Великого Пожара народное суеверие подтолкнуло парламент к расследованию вопроса о злокозненности атеизма, "Левиафан" Гоббса стал объектом особенно недоброжелательной критики. С этого времени автор не мог опубликовать ничего дискуссионного на социальные и политические темы нигде, кроме как за границей, где в последние годы своей долгой жизни он имел более высокую репутацию, чем дома.
В философии Гоббс заложил фундамент многого из того, что позднее стало характерным для британского эмпиризма. Наиболее важная его работа "Левиафан", в которой он применяет свои общие философские взгляды к разработке теории верховной власти. Но прежде чем обратиться к социальной теории, он во введении к книге излагает свою общую философскую позицию. В первой части он развивает представления о человеке и человеческой психологии в сугубо механических терминах, а также некоторое общее философское воззрение на язык и эпистемологию. Как Галилей и Декарт, он считает, что все наши переживания вызваны механическим движением во внешних телах, принимая во внимание, что вид объектов, звуки, запахи и т. д. находятся не в них, а в субъектах - это наше личное. По этому поводу он мимоходом упоминает, что в университетах все еще учат ошибочной теории эманаций, основанной на Аристотеле. Он хитро добавляет, что не отвергает университеты в целом, но, зная, что он позднее будет говорить об их месте в государстве, он должен рассказать нам об их основных недостатках, которые должны быть исправлены, "один из них - постоянные пустяшные разговоры". Гоббс развивает ассоцианистские взгляды в психологии, принимая радикальный номинализм с учетом влияния языка. Геометрия, считает он, - это пока единственная наука. Функция довода имеет характер аргумента, как в геометрии. Мы должны начать с определений и, предлагая их, быть осторожными, чтобы не употребить противоречивые понятия. Аргумент в этом смысле - это нечто, что достигается практикой, а не нечто врожденное, как считает Декарт. Далее следует объяснение страстей в терминах движения. В своем естественном состоянии, думает Гоббс, все люди равны и каждый в отдельности пытается сохранить себя за счет других, поэтому получается состояние войны всех против всех.
Чтобы избежать этого кошмара непрерывной войны, люди объединяются и передают свою власть государству. Такова тема второй части книги. Люди, существа разумные, но конкурирующие между собой, вынуждены прийти к искусственному соглашению. Они соглашаются подчиняться некоей власти по их выбору. И если уж эта система вступает в действие, то, следовательно, нет права на восстание, поскольку подданные связаны соглашением, а не указом правителя. Только в случае, если правитель не обеспечивает защиту, для которой он был выбран, люди имеют право объявить соглашение недействительным и аннулированным. Общество, основанное на договоре такого рода, - это государство. Оно - как бы гигантский человек, созданный из обычных людей, "Левиафан". Он больше и мощнее, чем человек, и, следовательно, он как Бог, хотя и смертен, как обычные люди. Высшая власть принадлежит государю и имеет абсолютное значение для всех сфер жизни.
В третьей части книги обсуждается, почему не должно быть всеобщей церкви. Гоббс был последовательным сторонником Эразма Роттердамского и считал, что церковь должна быть национальным институтом, подчиненным гражданским властям. В четвертой части римско-католическая церковь критикуется за то, что она не смогла понять этого.