В самой философии XV и XVI века были в целом не слишком воодушевляющими. С другой стороны, распространение нового знания и книг и, главное, обновленная сила древних традиций Пифагора и Платона проложила путь для великих философских систем XVII в. Под влиянием древних образов мышления началась великая научная революция. Начав с более или менее ортодоксального пифагорейства, наука постепенно отвергла прежние понятия Аристотелевой физики и астрономии. Люди, продолжавшие эти исследования, знали, что во всем этом они следуют непосредственно платоновской традиции.
Первым, кто открыл вновь гелиоцентрическую теорию Аристарха, был Николай Коперник (1473-1543). Этот польский клирик в юные годы отправился на юг, в Италию, где изучал математику (в Риме в 1500 г.). Именно там он столкнулся с пифагореизмом итальянских гуманистов. После нескольких лет занятий в разных университетах он в 1505 г. вернулся в Польшу, а после 1512 г. стал каноником во Фромборке. Его деятельность была в основном административной, хотя иногда он должен был практиковать в медицине, которую также изучал в Италии. Свободное время Коперник посвящал астрономическим исследованиям. На гелиоцентрическую гипотезу Коперник обратил внимание, когда находился в Италии. Теперь он пытался проверить свои взгляды при помощи тех инструментов, которые могли быть изготовлены в то время.
Работа, в которой все это изложено, называется "De revolutionibus orbium coelestium" ("Об обращениях небесных сфер" (лат.). Она была опубликована в год его смерти. Теория, в том виде, в каком он выдвигал ее, не была лишена некоторых затруднений и в некоторых отношениях была продиктована предвзятыми понятиями, идущими от Пифагора. То, что планеты должны двигаться постоянно по кругу, казалось Копернику предрешенным заключением, потому что круг - символ совершенства, а постоянное движение единственный способ, подобающий небесному телу. В рамках доступных наблюдений гелиоцентрический взгляд о круговых орбитах был, однако, значительно лучше эпициклов Птолемея, так как здесь наконец была выдвинута простая гипотеза, которая все объясняла.
Теория Коперника была встречена с жесткой враждебностью как лютеранами, так и католиками, поскольку они совершенно справедливо считали, что она была началом нового, антидогматического движения, которое должно было подорвать если не саму религию, то, по меньшей мере, авторитарный принцип, на основе которого действовали религиозные организации. В конечном итоге громадное развитие научных представлений в основном в протестантских странах стало фактом благодаря относительному бессилию национальных церквей, находившихся под давлением мнения своих прихожан.
Астрономические исследования были продолжены Тихо Браге (1546-1601), основной вклад которого состоит в предоставлении обширных и точных наблюдений над планетарным движением. Он также бросил тень сомнения на астрономическое учение Аристотеля, показав, что область, лежащая выше Луны, не свободна от изменений, так как новая звезда, которая появилась в 1572 г., как оказалось, не имела дневного параллакса и, следовательно, должна была находиться на значительно большем расстоянии, чем Луна. Можно было также показать, что кометы движутся выше лунной орбиты.