Несмотря на такое внешнее проявление авторитета, власть Бонифация VIII была неустойчивой. Как человек, он любил золото больше, чем это приличествовало князю церкви, а в вопросах веры - не был образцом ортодоксии. В течение всего его пребывания на папском троне он конфликтовал либо с французскими прелатами, либо с их королем Филиппом IV. Из этой ссоры победителем вышел король Франции. Следующим папой, избранным в 1305 г., был Климент V, француз, в 1309 г. перенесший место пребывания пап в Авиньон. Именно в период его правления и при его попустительстве Филипп IV уничтожил орден тамплиеров. Орден тамплиеров - рыцарский орден, созданный в основном французскими участниками крестовых походов. Назван по имени замка, где происходили заседания Совета во главе с магистром. Сосредоточил в своих руках значительные земельные и денежные богатства, что вызывало стремление королевской власти овладеть ими. Тамплиеры были объявлены еретиками, колдунами и пр. Многие из них были казнены, часть отправилась в изгнание. Это была совершенно хищническая акция, предпринятая под абсолютно необоснованным предлогом: обвинением руководителей тамплиеров в ереси. В целом ссоры внутри церкви способствовали только подрыву власти папы. Разногласие между Иоанном XXII и францисканцами вызвало полемические выпады Оккама. В Риме отсутствие папы, увезенного в Авиньон, привело к временному отделению Рима от папы, которое произошло под предводительством Кола ди Риенци. Этот римский горожанин начал с борьбы с продажной знатью, а в конечном итоге бросил вызов как папе, так и императору, объявив Рим независимым от того и другого, как в старину. В 1352 г. папа Климент VI сумел схватить Риенци и держал в тюрьме два года вплоть до своей смерти. Риенци вернулся к власти в Риме, но через несколько месяцев был убит фанатичной толпой.
Авиньонское пленение пап сильно повредило престижу церкви. Григорий XI пытался исправить это положение, вернувшись в 1377 г. в Рим. Но он умер в следующем году, а его итальянский преемник Урбан VI поссорился с французскими кардиналами, которые в отместку избрали своим папой Роберта Женевского. Как и Климент VII, этот француз вернулся в Авиньон, и это положило начало Великому расколу, который продолжался до Констанцского Собора. Французы поддерживали своего папу в Авиньоне, а империя признала его римского соперника. Поскольку каждый папа назначал своих кардиналов, которые, в свою очередь, избирали его преемника, то разрыв нельзя было ликвидировать. Была предпринята попытка выйти из этого тупика посредством Собора. Он собрался в Пизе в 1409 г. Два существующих папы были объявлены смещенными, и на основе компромисса избран новый папа. Но смещенные не захотели сойти со сцены, поэтому вместо двух пап теперь их стало три. Констанцский Собор, созванный в 1414 г., наконец восстановил некоторый порядок. Третий папа был смещен, римского папу уговорили уйти в отставку, а авиньонский папа пал из-за отсутствия поддержки, поскольку Франция оказалась во власти Англии. В 1417 г. Собор избрал папой Мартина V, завершив таким образом Великий раскол. Но церковь не сумела реформироваться, и вследствие противоборства с реформаторами папство утеряло остатки былого влияния.
В Англии противодействие Риму многим обязано Джону Виклифу (ок. 1320-1384), уроженцу Йоркшира, ученому и преподавателю в Оксфорде. Стоит заметить, что Англия долгое время была менее раболепной по отношению к Риму, чем континентальная Европа. Уже Вильгельм Завоеватель заявил, что ни один епископ не может быть назначен в его королевстве без его ведома.