Величайшим из пап-политиков был Иннокентий III (1198-1216), при котором папская власть достигла уровня, никогда с тех пор не достигавшегося. Сицилия была завоевана сыном Барбароссы Генрихом VI, который женился на Констанции, принцессе, наследнице норманнских королей острова. В 1197 г. Генрих умер, а его сын Фридрих двух лет от роду стал королем. Мать отдала его под опеку Иннокентия III после вступления последнего на папский престол. В обмен на уважение прав Фридриха папа получил признание своего верховенства. Аналогичные подтверждения были получены от большинства правителей Европы. Во время четвертого крестового похода планы папы были отчасти расстроены венецианцами, которые в своих торгово-грабительских интересах вынудили его крестоносцев взять Константинополь, но его предприятие против альбигойцев было вполне успешным. (Альбигойцы - широкое еретическое течение на юге Франции, выступавшее против католической догматики, церковного землевладения и десятины. Осуждено Вселенским Собором 1215 г). Южная Франция была очищена от ереси, но при этом полностью разрушена. В Германии был смещен император Оттон, а Фридрих II, теперь уже повзрослевший, выбран вместо него. Таким образом, Иннокентий III имел власть и над императором, и над королями. Внутри самой церкви была обеспечена еще большая власть курии. Но в любом случае сама степень временного успеха предвещала упадок папства, поскольку по мере того как его влияние на этот мир становилось все крепче, его авторитет в делах, касающихся загробной жизни, падал; это было одним из обстоятельств, которые позднее привели к Реформации.
Фридрих II был избран императором при поддержке папы взамен обещаний признать приоритет папы. Ни одно из этих обещаний молодой император не собирался держать дольше, чем ему необходимо. Этот молодой сицилиец, родившийся от немецких и норманнских родителей, вырос в обществе, где формировалась новая культура. Здесь соединились вместе мусульманское и византийское, немецкое и итальянское влияния, появилась цивилизация, давшая первый толчок для итальянского Возрождения. Будучи пропитанным всеми этими традициями, Фридрих был способен внушить к себе уважение как Запада, так и Востока. По своим взглядам выходивший далеко за пределы того времени, склонный к политическим реформам, это был человек независимого мышления и действия. Его сильная и созидательная политика снискала ему прозвание "stupor mundi", "чудо мира".
В течение двух лет один за другим умирают Иннокентий III и поверженный германский противник Фридриха Оттон. Папство переходит к Гонорию III, с которым молодой император вскоре рассорился. Будучи знаком с утонченной цивилизацией арабов, Фридрих предпочитал не идти в крестовый поход; существовали проблемы с Ломбардией, где немецкое влияние в целом встречалось недоброжелательно. Это вызывало дальнейшие трения с папой, которого поддерживали ломбардские города. В 1227 г. Гонорий III умер, а его преемник, Григорий IX, немедленно отлучил Фридриха от церкви за то, что тот не отправился в крестовый поход. Император был не слишком обеспокоен таким решением. Он женился на дочери короля Иерусалимского, норманна, и в 1228 г., будучи все еще отверженным от подданных и церкви, отправился в Палестину и разрешил там все вопросы путем переговоров с мусульманами. Иерусалим не представлял значительной ценности с военной точки зрения, но христиане ценили его как религиозный символ. Поэтому Священный город был отдан Фридриху по договору, а он сам - коронован королем Иерусалимским.
По мнению папы, это была слишком благоразумная манера разрешения религиозных разногласий, но ввиду достигнутого императором успеха он вынужден был в 1230 г. заключить мир с Фридрихом. Последовал период реформ, во время которых в Королевстве Обеих Сицилий было введено современное управление и новый кодекс законов. Развитию коммерции и торговли содействовала отмена всех внутренних таможенных барьеров, а распространению образования способствовало открытие университета в Неаполе. В 1237 г. в Ломбардии вновь вспыхнули волнения, и Фридрих вплоть до самой смерти в 1250 г. был вовлечен в постоянную войну с более или менее удачливыми папами. Нараставшая жестокость этой борьбы затмила более ранние и просвещенные годы его царствования.