В отношении к нашей Родине — России о. Иоанн явил собою образ грозного пророка Божия, проповедующего истину, обличающего ложь, призывающего к покаянию и предрекающего близкую кару Божию за грехи и за богоотступничество. Будучи сам образом кротости и смирения, любви к каждому человеку, независимо от национальности и вероисповедания, о. Иоанн с великим негодованием относился ко всем тем безбожным, материалистическим и вольнодумным либеральным течениям, которые подрывали веру русского народа и подкапывали тысячелетний государственный строй России.
«Научись, Россия, веровать в правящего судьбами мира Бога Вседержителя и учись у твоих святых предков вере, мудрости и мужеству... Господь вверил нам, русским, великий спасительный талант православной веры... Восстань же, русский человек!.. Кто вас научил непокорности и мятежам бессмысленным, коих не было прежде в России... Перестаньте безумствовать! Довольно! Довольно пить горькую, полную яда чашу — и вам и России». И грозно прорекает: «Царство Русское колеблется, шатается, близко к падению». «Если в России так пойдут дела и безбожники и анархисты-безумцы не будут подвержены праведной каре закона, и если Россия не очистится от множества плевел, то она опустеет, как древние царства и города, стертые правосудием Божиим с лица земли за свое безбожие и за свои беззакония». «Бедное отечество, когда-то ты будешь благоденствовать?! Только тогда, когда будешь держаться всем сердцем Бога, Церкви, любви к Царю и Отечеству и чистоты нравов».
Последующие события кровавой русской революции и торжества безбожного человеконенавистнического большевизма показали, насколько был прав в своих грозных предостережениях и пророческих предвидениях великий праведник земли русской.
К тяжелому подвигу служения людям в последние годы жизни о. Иоанна присоединился мучительный личный недуг — болезнь, которую он кротко и терпеливо переносил, никому никогда не жалуясь. Решительно отверг он предписания знаменитых врачей, пользовавших его, — поддерживать свои силы скоромной пищей. Вот его слова: «Благодарю Господа моего за ниспосланные мне страдания для предочищения моей грешной души. Оживляет — Святое Причастие». И он приобщался по-прежнему каждый день.
10 декабря 1908 года, собрав остаток своих сил, о. Иоанн в последний раз сам совершил Божественную литургию в Кронштадтском Андреевском соборе. А в 7 час. 40 мин. утра 20 декабря 1908 года великий наш праведник мирно отошел ко Господу, заранее предсказав день своей кончины.
В погребении о. Иоанна участвовали и присутствовали десятки тысяч людей, а у гробницы его и тогда и в последующее время совершалось немало чудес. Необычайные то были похороны! На всем пространстве от Кронштадта до Ораниенбаума и от Балтийского вокзала в Петербурге до Иоанновского монастыря на Карповке стояли огромные толпы плачущего народа. Такого количества людей не было до того времени ни на одних похоронах — это был случай в России совершенно беспримерный. Похоронное шествие сопровождалось войсками со знаменами, военные исполняли «Коль славен», по всей дороге через весь город стояли войска шпалерами. Чин отпевания совершал С.-Петербургский Митрополит Антоний во главе сонма епископов и многочисленного духовенства. Лобызавшие руку покойного свидетельствуют, что рука оставалась не холодной, не окоченевшей. Заупокойные службы сопровождались общими рыданиями людей, чувствовавших себя осиротевшими. Слышались возгласы: «Закатилось наше солнышко! На кого покинул нас, отец родной? Кто придет теперь на помощь нам, сирым, немощным?» Но в отпевании не было ничего скорбного: оно напоминало собою скорее светлую пасхальную заутреню, и чем дальше шла служба, тем это праздничное настроение у молящихся все росло и увеличивалось. Чувствовалось, что из гроба исходит какая-то благодатная сила и наполняет сердца присутствующих какою-то неземною радостью. Для всех ясно было, что во гробе лежит
Похоронили о. Иоанна в церкви-усыпальнице, специально устроенной для него в подвальном этаже сооруженного им монастыря на Карповке. Вся церковка эта замечательно красиво облицована белым мрамором; иконостас и гробница — тоже из белого мрамора. На гробнице (с правой стороны храма) лежит Св. Евангелие и резная митра, под которой горит неугасаемый розовый светильник. Множество дорогих художественно исполненных лампад постоянно теплятся над гробницей. Море света от тысяч свечей, возжигаемых богомольцами, заливает этот дивный сияющий храм.