Однако к 1948 году на физфаке МГУ в этом отношении имели место перекосы. Например, численность евреев в стране составляла всего 3%, а число студентов на факультете этой национальности достигало 90% и более от общего состава студентов. Этому способствовали два обстоятельства. Во-первых, в составе преподавательского состава физфака преобладали лица еврейской национальности, которые старались поддерживать при приёме свою диаспору. Во-вторых, абитуриенты г. Москвы этой национальности имели возможность перед поступлением в университет проходить дополнительную подготовку у столичных репетиторов, а потому были более подготовленными, чем абитуриенты, приезжавшие из других регионов. Однако, как свидетельствует вдова А. Ф. Кононкова ― доцент Галина Евгеньевна Кононкова, начиная с третьего курса, наблюдалась перегруппировка среди студентов. Приехавшие из периферии студенты буквально вгрызались в науку и начинали опережать столичных студентов в учёбе.
А. Ф. Кононков столкнулся и с таким явлением: демобилизованные участники войны на экзаменах получали заниженные оценки и не проходили по конкурсу. Когда они приходили в деканат забирать документы, то А. Ф. Кононков направлял их на повторные экзамены к другим, более объективным экзаменаторам, и многие из них набирали соответствующие баллы для приёма в МГУ. Позже многие из них не только успешно закончили факультет, но и защитили кандидатские и докторские диссертации. Некоторые из них работали над проблемами ядерной физики в Дубне и иногда, бывая в Москве, заходили и благодарили А. Ф. Кононкова за помощь при поступлении на учёбу в МГУ.
За три года работы А. Ф. Кононкова заместителем декана физфака увеличился состав студентов других народов СССР. Этого ему не простили представители т.н. "ущемлённой национальности". В 1949 году, когда А. Ф. Кононков подготовил диссертацию, Цейтлин и его команда предприняли все меры, чтобы не допустить её к защите на физфаке МГУ. Тогда в 1950 году диссертация А. Ф. Кононкова была принята к защите в Институте физики моря АН СССР. Уже был разослан автореферат, но Цейтлин и его "сподвижники", используя грязные приёмы, добились снятия защиты. Спустя несколько лет, дополненная новыми исследованиями, диссертация была представлена к защите в Институт истории науки и техники АН СССР, где в составе совета преобладали лица еврейской национальности. В итоге 13 проголосовали "за" присуждение учёной степени кандидата физико-математических наук и 13 "против" и т.о. было принято отрицательное решение.
В 1955 году издательством МГУ была опубликована книга А. Ф. Кононкова "История физики в Московском университете с его основания до 60-х годов XX века" объёмом 15 печатных листов, которая была представлена в качестве диссертации.
В связи с результатами предыдущих защит партком МГУ обратился в отдел науки ЦК КПСС с просьбой дать указание ВАКу создать для рассмотрения диссертации А. Ф. Кононкова по истории физики специальный совет из докторов, профессоров, специалистов по истории естественных наук, независимо от ведомственной принадлежности для разовой защиты. Такой совет был создан и А. Ф. Кононкову единогласно была присуждена учёная степень кандидата физико-математических наук. Но, к сожалению, трудностей пришлось пережить больше, чем за три с половиной года участия в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг., что подорвало его здоровье и, в конечном итоге, привело к преждевременной смерти. Какие-либо комментарии здесь не требуются.
Более трагичной оказалась судьба второго по старшинству брата Александра, 1913 г. рождения. Вначале его жизнь складывалась очень хорошо, он закончил физико-математический факультет педагогического института и успешно работал в средних школах преподавателем физики, математики, алгебры, геометрии, самых дефицитных специальностей в тот период. Вскоре после начала Великой Отечественной войны он был призван в армию, закончил ускоренные курсы артиллерийского училища и в военных действиях участвовал в Мурманской области в составе элитных войск ― морской пехоты. Последнее письмо пришло с фотографией в полушубке в звании капитана.