С началом отступления наших сил, А. X. Бенкендорф принял начальство над арьергардом в отряде генерала Винценгероде, а от Звенигорода до Спасска командовал всем отрядом. Присоединив к своим силам два казачьих полка, он под Волоколамском напал на неприятельские партии, разбил их и взял в плен более восьми тысяч человек.
Став после освобождения Москвы комендантом столицы, он успел захватить в плен три тысячи французов и отбить тридцать орудий. Во время преследования Наполеоновской армии до Немана, находясь в отряде генерал-лейтенанта Кутузова, Бенкендорф взял в плен трёх французских генералов и более шести тысяч разных чинов.
В 1813 году А. X. Бенкендорф возглавил отдельный летучий отряд. Действуя между Берлином и Франкфуртом-на Одере, он разбил в Темпельберге сильную неприятельскую партию, за что получил орден св. Георгия 3 степени. Затем, действуя вместе с отрядами генералов Чернышёва и Тетенборна, Бенкендорф занял Берлин и, беспрерывно сражаясь от Ютербока до Дрездена, взял в плен до шести тысяч французов. Занятие Люнебурга под начальством генерала Дернберга доставило Бенкендорфу орден св. Анны 1 степени.
В дальнейшем А. X. Бенкендорф участвовал в сражении при Гросберене и три дня прикрывал корпус графа Воронцова против атак французов. За последний подвиг он был награждён золотой с бриллиантами шпагой. В битве под Лейпцигом, Бенкендорф командовал левым крылом корпуса Винценгороде, после чего с отдельным отрядом был отправлен в Голландию. Здесь, в самый короткий срок, Бенкендорф успел очистить от неприятеля Утрехт и Амстердам, заставил сдаться крепости Гавель, Мюнден и Гельдерскую батарею и занял Роттердам, Дортрехт, Госувот, крепости Гертрюденберг, Бреду, Вильгельмштадт, взяв более ста орудий и много пленных.
Вслед за тем А. X. Бенкендорф устремился в Бельгию и с боя занял города Лювен и Мехельн и в Дюссельдорфе снова присоединился к Винценгороде. Эти подвиги доставили ему ордена: св. Владимира 2 степени, большой крест Шведского Меча и прусский «Pour le mérite», от нидерландского короля — шпагу с надписью «Амстердам и Бреда», а от великобританского регента — золотую саблю с надписью «за подвиги 1813 г.».
В 1814 году А. X. Бенкендорф участвовал в сражении под Краоном, где командовал всею кавалериею корпуса графа Воронцова, и затем в битвах под Лаоном и Сен-Дизье, после чего начальствовал арьергардом корпуса при движении его до Шалона. Награждённый бриллиантовыми знаками ордена св. Анны 1 степени, Бенкендорф возвратился в Россию и здесь 9 апреля 1816 г. был назначен начальником 2 драгунской дивизии, а в 1819 году — начальником штаба гвардейского корпуса. 22 июля того же года он был пожалован званием генерал-адъютанта, 20 сентября 1821 г. произведен в генерал-лейтенанты и 1 декабря назначен начальником 1‑й кирасирской дивизии.
Новый император, Николай I, 25 июля 1826 года назначил А. X. Бенкендорфа на должность шефа жандармов, командующего Императорскою Главною Квартирою и главного начальника III Отделения Собственной Его Императорского Величества Канцелярии, а 6 декабря пожаловал в звание сенатора.
В 1828 году А. X. Бенкендорф сопровождал Государя в турецком походе и находился при осаде Браилова, при переправе через Дунай, в сражении близ Сатунова, при покорении Исакчи, в сражении при Шумле, где командовал двумя каре, составлявшими прикрытие Особы Государя и затем при осаде и взятии крепости Варны. Был награждён орденом св. Владимира 1 степени. По окончании кампании, Бенкендорф 21 апреля 1829 года был произведён в генералы от кавалерии, а 8 февраля назначен членом Государственного Совета.
10 ноября 1832 года А. X. Бенкендорф был возведён в графское Российской Империи достоинство, а 22 апреля 1834 года пожалован орденом св. Андрея Первозванного.