Но предложение Богданова не встретило необходимой поддержки среди членов Зоологического отделения. Только молодой зоолог Е. А. Бихнер, ученик М. Н. Богданова, опубликовал в 1884 г. обширную статью «Птицы Петербургской губернии», включив в нее описание 251 вида и сводку литературы. Работа Е. А. Бихнера была отмечена премией имени Первого съезда русских естествоиспытателей.
Модест Николаевич сам взялся за осуществление своего замысла. Он сильно видоизменил и расширил первоначальный план.
В окончательном варианте было задумано составление многотомной сводки о птицах России, содержащей в себе все известные в науке данные об их видовом составе и распространении. В 1881 г. Богданов представил в Академию наук план издания «Общей русской орнитологии», в который входил краткий очерк истории русских орнитологических исследований, библиография литературы по орнитологии, перечень птиц, обитающих в России, с указанием их распространения, характеристика зоологических (орнитологических) областей и список птиц коллекции Зоологического музея Академии наук.
Богданов с увлечением стал составлять список птиц русской фауны и закончил эту кропотливую работу к концу 1882 г. В отзыве об этом труде академики Л. И. Шренк и А. А. Штраух писали: «Автор... задался целью с точностью определить состав орнитологической .фауны России, восстановить правильные названия видов и, очистив литературу от синонимов, подготовить надежный материал для полной русской орнитологии... Оконченная ныне часть этого конспекта содержит в себе предварительные результаты означенного труда, а именно: перечень всех видов птиц, достоверно найденных до сих пор в пределах империи. При каждом виде, для исправления ошибок в определении, приведена необходимая синонимия и указаны сочинения, в которых можно найти описания и лучшие изображения русских птиц. Для каждого вида указано также его географическое распространение, на основании всех имеющихся до сих пор данных» 0, 96, отзыв). Первый выпуск издания вышел в свет в 1884 г. под названием «Перечень птиц Российской империи». Для популяризации книги за пределами России, по постановлению Академии наук, текст ее дан параллельно на русском и французском языках. Богданов тем временем продолжал трудиться над подготовкой последующих выпусков, но тяжелая болезнь прервала эту работу в 1885 г. Замысел «Общей русской орнитологии» остался не осуществленным до конца. Опубликован был лишь первый выпуск, который Н. П. Вагнер назвал лебединой песней ученого.
Но не только систематика и зоогеография птиц интересовали Богданова. Он уделял внимание и другим вопросам орнитологии, в особенности своеобразным биологическим явлениям, которыми так богата жизнь птиц. Из работ этого плана интересна статья, посвященная перелету птиц, в которой Богданов анализировал это явление, во многом и сейчас еще неясное для науки, с позиций эволюционной теории Дарвина. Он считал, что инстинкт перелета является «физиологической привычкой», наследственно закрепленной в длинном ряду поколений, а основной стимул перелетов видел в недостатке корма в зимний период. О путях эволюции птиц Богданов писал: «Птицы, как организмы, развитые односторонне по сравнению с млекопитающими, обладают в сравнении с последними массой узких и резко выраженных привычек, кладущих на их жизнь, на их действие печать автоматичности, консерватизма и зависимости от внешних условий. Перелеты представляют одну из самых резких и крупных особенностей птичьей жизни, где ярче всего выступает эта автоматичность, как прямое следствие одностороннего, хотя и высокого развития организма. Птица поражает нас дивным механизмом движения. Мы с завистью смотрим на этот механизм, дающий ей возможность переноситься по воздуху с быстротой, недоступной другому животному. Но если припомнить, что крылья птицы развились в ущерб развитию органов самоуправления, т. е. центральной нервной системы, что это породило массу обычаев, привычек и условных форм жизни, тяготеющих над умственным прогрессом и самостоятельностью действий птицы, — то вряд ли можно завидовать ей» (I, 61, № 3, стр. 95—96). Статья «Перелет птиц» была опубликована в журнале «Свет» за 1878 г.
Через год на страницах этого же журнала появилась еще одна статья Богданова, посвященная другому вопросу, постоянно интересовавшему его, — взаимоотношению природы и человека. На этот раз он сделал попытку проследить историю сближения диких предков воробья с человеком и превращение этой птицы в постоянного спутника человеческого жилья. Он так и назвал свою работу: «Воробей и человек».