Большое внимание Богданов уделил описанию условий обитания животных в пустыне. Труд его — одна из немногих работ того времени, посвященная пустынной фауне. Он называл пустыню «сухим морем», которое населяют «своеобразные растительные и животные формы, выработавшиеся в процессе эволюции в постоянной борьбе за право на свое существование при самых неблагоприятных условиях суровой природы... Много пало организмов в этой борьбе, — писал Богданов, — но те, которые выжили, приобрели все необходимые приспособления организации. Они представляют чрезвычайно устойчивые, крепкие типы, едва ли способные к дальнейшему развитию, так как их организация сильно уклонилась в сторону и повернуть ее на прямой путь уже трудно, если не невозможно» (I, 86, стр. 50). Основным экологическим признаком обитателей пустыни Богданов считал приспособление к недостатку влаги. При описании фауны он анализирует эти приспособления, по-разному проявляющиеся у разных организмов. «Большая часть здешних грызунов— обитатели нор и деятели ночи, а многие к тому же засыпают на зиму; следовательно, жизнь этих животных вполне ограждена и от летнего зноя пустыни и от зимних ее холодов. С недостатком воды в песках они мирятся отлично, так как никогда не пьют воды и там, где она есть» (I, 86, стр. 26).
Особенно поразило Богданова обилие в пустыне пресмыкающихся и жуков. В целом жизнь здесь оказалась намного богаче, чем думали раньше. В коллекции Эверсманна числилось 30 видов птиц, обитающих в пустыне Кызылкум; Богданов описывает в своих очерках 96 видов. Эверсманн и Леманн описали 11 видов рептилий, Богданов — 25.
В отдельной главе описаны домашние животные местных жителей и влияние человека на животный мир Хивинского оазиса. Богданов сумел оценить хозяйственные качества местных пород. В частности, он рекомендовал изучить и использовать для русского коневодства туркменскую скаковую лошадь.
Как и Н. А. Северцов, Богданов видел основное хозяйственное значение Амударьи в ее рыбном богатстве, а для успешного развития рыбного промысла предлагал построить железную дорогу. Кроме того, он выдвигал идею последующей акклиматизации в Амударье осетра, стерляди, белуги, севрюги, для которых, по его мнению, здесь имелись подходящие экологические условия.
Завершалась книга главой о геологической истории Арало-Каспийской низменности. Богданов указывал при этом, что в период покрытия суши водами мелководного моря сухопутная фауна отступила на возвышенные участки, подобные Усть-Урту и горам Шейх Джели. С процессом последующего поднятия среднеазиатской равнины он связывал образование мощных речных систем Сырдарьи и Амударьи, постепенно прорывших себе русла в рыхлом грунте обнажавшегося морского дна. По вопросу об изменении течения Амударьи из Каспия в Арал, очень интересовавшему тогда исследователей Средней Азии, Богданов высказал особую гипотезу. Он считал, что существовал период, когда река, прервав свое течение в Каспий, направила свои воды в Сары-Камышскую впадину и образовала там замкнутый бассейн, не имевший связи ни с Аралом, ни с Каспием.
В настоящее время существует мнение, что во времена неолита течение Амударьи действительно было направлено в Сары-Камыш, который в это время вместе с прилегающей Асааке-Ауданской впадиной представлял обширное пресноводное озеро. Но в то же время из озера широкая протока шла по Узбою и соединяла его с Каспием близ Красноводска. Таким образом, современные предположения не совпадают с мнением Богданова о существовании периода отрыва Амударьи и от Каспия и от Арала.
Богданов рассмотрел также и вопрос о заселении Арало-Каспийской низменности после ее поднятия. Основные пути иммиграции животных на высыхающую равнину, по его мнению, шли из Афганистана, Хорасана и даже Северной Африки. Представления эти согласуются с современными зоогеографическими данными.
На основе обобщения всех сведений о природе пустыни Кызылкум Богданов впервые указал очертание ее границ: «От западных отрогов Тянь-Шаня до восточного берега Аральского моря, между реками Сырдарьей и Амударьей, в виде обширного четырехугольника, протянулась ровная площадь пустыни Кызылкум». Определение это стало классическим и вошло в мировую географическую литературу (II, 41).
Исследования Арало-Каспийской экспедиции получили, таким образом, весьма полное отражение в литературе. Почти все коллекции были обработаны, описаны и использованы, на их основе были созданы труды, оставившие очень заметный след в изучении Средней Азии.
Этого, к сожалению, нельзя сказать об Амударьинской экспедиции Н. А. Северцова, Большие и интересные коллекции, собранные ее участниками, как и многие материалы других экспедиций Северцова, остались в большей своей части не описанными в литературе. Северцов в своем письме туркестанскому губернатору фон Кауфману указывал, что он предполагал передать для обработки часть материала М. Н. Богданову. Однако привел ли он свое намерение в исполнение, остается неясным.