В том же 1511 году, когда Жом де Нотрдам купил дом в центре Сен-Реми, Мишель отправился в грамматическую школу, куда брали с семи лет. Обучение там строилось по средневековым канонам — единственный учитель (обычно это был регент церковного хора) заставлял детей переписывать буквы и учить наизусть латинские псалмы. За невыученные уроки и шалости их нещадно били линейкой по пальцам, и все же в классе из 30–40 разновозрастных учеников стоял постоянный гомон, заглушающий слова педагога. Выучиться чему-то в такой обстановке было сложно, и состоятельные родители нанимали сыновьям домашнего учителя, — возможно, у юного Мишеля тоже был такой.
Мы не знаем, дразнили ли будущего пророка в школе из-за его происхождения. В то время евреев, даже крещеных, часто обзывали «обрезками» (
В 1518 году 14-летний Мишель отправился в соседний Авиньон, чтобы продолжить обучение в коллеже при факультете искусств местного университета. В течение трех лет ему предстояло изучать обычную программу того времени: тривий (грамматика, риторика, диалектика) и квадривий (геометрия, арифметика, астрономия, музыка). Возможно, он еще не выбрал будущую профессию, а может, уже тогда намеревался стать врачом, однако на медицинский факультет того же университета принимали только с 18 лет, а коллежа при нем не было. Несмотря на принадлежность города, а с ним и университета, римскому папе, в коллеже царила весьма вольная обстановка — ученики больше увлекались не лекциями, а пирушками, танцами и посещением борделей, по числу которых Авиньон не уступал самому Парижу. Наверняка Мишель тоже участвовал в этих забавах — мы знаем о его общительности и неравнодушном отношении к женскому полу, а в одном из сочинений он назвал свою юность «веселой». Однако не меньшее внимание он уделял учебе: Жан-Эме де Шавиньи пишет, что он поражал соучеников и преподавателей «божественной» памятью. Возможно, он уже тогда читал не только учебники, но также стихи и романы современных авторов, давшие позже импульс его собственному творчеству.
В 1521 году после окончания коллежа Мишель должен был получить звание магистра искусств, открывавшее доступ в университет. Он, похоже, уже окончательно решил стать врачом, что сулило не только доступ к неведомым доселе знаниям, но и неплохой доход. Медицина в те годы еще находилась в плену устаревших представлений Галена, но ее принципы уже начали меняться. В конце XV века папа Сикст IV признал наконец полезность анатомии и позволил врачам изучать устройство человеческого тела путем вскрытия трупов. В 1543 году Андреас Везалий выпустил в Базеле знаменитый анатолический атлас «Строение человеческого тела» с прекрасными иллюстрациями, выполненными Тицианом и его учениками. Эта книга, оспорившая многие утверждения Галена, на века вперед стала пособием для врачей. В те же годы возникла физиология, созданная придворным врачом Генриха II Жаном Фернелем. Учение о функциях различных органов развивал и испанский врач Мигель Сервет, впервые описавший кровообращение, однако в 1553 году его сожгли за ересь, и только через 75 лет учение о кровообращении вторично сформулировал англичанин Уильям Гарвей.