На втором этапе речь идет о построении содержательной концептуальной модели как исходной точке решения общей задачи исследования. На основе двух групп понятий – «аналитической» (сущность-явление, содержание-форма, количество-качество) и «синтетической» (материя, движение, пространство, время), представленных в виде матрицы, строится «универсальная познавательная конструкция – конфигуратор», задающая общие рамки исследования. Далее, на базе выделения вышеуказанных логических уровней исследования всякой системы отмеченные понятия подвергаются редукции, в результате которой выделяются «аналитические» (сущностная, содержательная, структурная, поведенческая) и «синтетические» (субстратная, динамическая, пространственная и временная) характеристики объекта. Опираясь на структурированный таким образом «системный ориентированный матричный конфигуратор», автор прослеживает специфические особенности и некоторые тенденции эволюции системы международных отношений.
На третьем этапе проводится более детальный анализ состава и внутренней структуры международных отношений, т. е. построение ее развернутой модели. Здесь выделяются состав и структура (элементы, подсистемы, связи, процессы), а также «программы» системы международных отношений (интересы, ресурсы, цели, образ действий, соотношение интересов, соотношение сил, отношения). Интересы, ресурсы, цели, образ действий составляют элементы «программы» подсистем или элементов. Ресурсы, характеризуемые как «несистемообразующий элемент», подразделяются автором на ресурсы средств (вещно-энергетические и информационные) и ресурсы условий (пространство и время).
«Программа системы международных отношений» является производной по отношению к «программам» элементов и подсистем. Ее системообразующим элементом выступает «соотношение интересов» различных элементов и подсистем друг с другом. Несистемообразующим элементом является понятие «соотношение сил», которое более точно можно было бы выразить термином «соотношение средств» или «соотношение потенциалов». Третьим производным элементом указанной «программы» является «отношение» понимаемое автором как некое оценочное представление системы о себе и о среде.
Столь подробное рассмотрение метода системного моделирования в применении к анализу международных отношений, позволяет увидеть и преимущества, и недостатки как самого этого метода, так и системного подхода в целом. К преимуществам можно отнести уже отмеченный выше обобщающий, синтезирующий характер системного подхода. Он позволяет обнаружить как целостность изучаемого объекта, так и многообразие составляющих его элементов (подсистем), в качестве которых могут выступать участники международных взаимодействий, отношения между ними, пространственно-временные факторы, политические, экономические, социальные или религиозные характеристики и т. д. Системный подход дает возможность не только фиксировать те или иные изменения в функционировании международных отношений, но и обнаружить причинные связи таких изменений с эволюцией международной системы, выявить детерминанты, влияющие на поведение государств. Системное моделирование дает науке о международных отношениях те возможности теоретического экспериментирования, которых она в его отсутствие практически лишена. Оно дает также возможность комплексного применения прикладных методов и техник анализа в самом разнообразном их сочетании, расширяя тем самым перспективы исследований и их практической пользы для объяснения и прогнозирования международных отношений и мировой политики.