Однако роялисты продолжали контролировать большую часть страны, в том числе Верхнее Перу. Напротив, освободительная армия, бойцы которой страдали от непривычного климата и инфекций, быстро теряла боеспособность. Сан-Мартин понимал, что не в состоянии завершить освобождение Перу собственными силами, и стремился заручиться помощью Колумбии. Переговоры с глазу на глаз между Сан-Мартином и Боливаром состоялись 26–27 июля 1822 г. в Гуаякиле. Видимо, главным вопросом стали совместные действия в Перу. По до конца не ясным причинам, Сан-Мартин решил отойти от политики.
20 сентября 1822 г. Сан-Мартин сложил свои полномочия перед учредительным конгрессом в Лиме. Спустя два дня конгресс передал власть Верховной правительственной хунте. 16 декабря были приняты «Основы политической конституции Перуанской республики», утверждавшие представительную форму правления и декларировавшие демократические свободы. Однако новое правительство не смогло обеспечить успешное ведение боевых операций против роялистов. Войска, направленные им в южные районы Перу, были разгромлены испанцами, которые в середине июня 1823 г. сумели также овладеть Лимой. Перуанский конгресс, временно перенесший свое местопребывание в порт Кальяо, обратился к Боливару с просьбой взять на себя руководство военными действиями. Тем временем роялисты под натиском патриотов вынуждены были оставить Лиму, куда в начале сентября прибыл Боливар. 10 сентября конгресс провозгласил его «Освободителем», возложил на него верховное командование перуанскими вооруженными силами и предоставил чрезвычайные полномочия. Таким образом, фактически в Перу была установлена диктатура Боливара, хотя формально главой исполнительной власти считался президент республики маркиз де Торре Тагле (1779–1825).
Однако «Освободитель» не располагал достаточными ресурсами для разгрома испанских войск в Перу. Кроме того, он столкнулся с противодействием влиятельных креолов — сторонников старого порядка. В связи с роялистским мятежом в Кальяо и захватом порта мятежниками (начало февраля 1824 г.) над Лимой нависла реальная угроза. В этой критической обстановке перуанский конгресс 10 февраля официально назначил Боливара диктатором, вручив ему неограниченную военную и гражданскую власть. Но удержать Лиму было уже невозможно. Войска и многие жители оставили город, вскоре занятый испанцами. Большая часть Перу вновь оказалась под контролем роялистов.
К тому времени испанское господство было ликвидировано почти на всем Американском континенте. В Новой Испании, где после разгрома главных сил инсургентов к концу 1815 г. была в основном восстановлена власть колониальной администрации, патриоты не прекращали вооруженную борьбу. В различных районах действовали партизанские отряды, а в апреле 1817 г. на побережье Новой Испании высадился разношерстный отряд добровольцев во главе с испанским революционером Франсиско Хавьером Миной (1789–1817). Однако в 1818–1819 гг. освободительное движение было почти повсеместно подавлено. Только на юге страны не сложил оружия достойный преемник Идальго и Морелоса Висенте Герреро (1782–1831).
Лишь под влиянием событий 1820 г. в метрополии и успехов борьбы за свободу южноамериканских колоний в Новой Испании стал нарастать новый революционный подъем. В этой ситуации землевладельческая знать, богатые купцы, высшее духовенство, военно-бюрократическая верхушка взяли курс на отделение от Испании, надеясь таким путем препятствовать дальнейшему развитию революции и сохранить свое господство и привилегии. Их политической платформой был «план Игуала», опубликованный в феврале 1821 г. полковником Агустином де Итурбиде (1783–1824). Провозглашая независимость Новой Испании, этот документ предусматривал установление конституционной монархии (причем монархом объявлялся Фердинад VII), равенство всех мексиканцев, независимо от их расы и происхождения (а значит — и гарантии интересов уроженцев Испании), сохранение привилегий католической церкви. Хотя он означал явный шаг назад по сравнению с программами Идальго и Морелоса, содержавшаяся в нем идея независимости обеспечила «плану Игуала» широкую поддержку. Поскольку демократические силы были к тому времени ослаблены, руководство движением оказалось в руках наиболее консервативных элементов.
Армия Итурбиде в течение нескольких месяцев заняла почти все крупные центры и вступила в Мехико, где 28 сентября 1821 г. был обнародован акт о независимости Мексиканской империи. В мае 1822 г. национальный конгресс объявил Итурбиде императором под именем Агустина I. Однако империя оказалась недолговечной. В стране нарастало вооруженное республиканское движение, завершившееся в марте 1823 г. крахом монархии.