Попытки дать строгое естественнонаучное объяснение этой «способности», получившей название невосприимчивости или иммунитета, привели к накоплению множества фактов, позволивших уже в 80-90-х годах разработать сразу четыре теории иммунитета. Две из них — теория «истощения» Л. Пастера (1883) и теория «прибавочной субстанции» О. Шово (1888) почти сразу же оказались полностью опровергнутыми, а две другие — клеточная и гуморальная, напротив, завоевали множество сторонников.
В основе клеточной теории, впервые высказанной российским ученым И.И. Мечниковым в 1883 г., лежало совершенное им же годом ранее открытие особых клеток (фагоцитов), обладающих свойствами обнаруживать проникающие в организм чужеродные «агенты внешней среды», захватывать их, а затем переваривать в своей протоплазме. Фундаментом гуморальной теории послужили работы Ф. Леффлера и Э. Ру, 1887; Э. Беринга, 1890; Г. Бухнера, 1889; П. Эрлиха, 1891; В.И. Исаева и Р. Пфейффера, 1894; Л. Дейча, 1899; Ж. Борде, убедительно доказавшие существование в крови невосприимчивых организмов особых белков (антител и комплемента), способных вступать в физико-химическое взаимодействие с микробами и продуктами их жизнедеятельности (антигенами) и уничтожать (склеивать, осаждать) их.
На протяжении последней четверти XIX в. создатели и сторонники обеих теорий вели непримиримую борьбу друг с другом. Однако уже в начале XX в. было показано, что клеточные и гуморальные реакции иммунитета не исключают, а дополняют друг друга, являясь важнейшими механизмами функционирования иммунной системы, обеспечивающей защиту внутренней среды организма от неблагоприятных влияний различных факторов окружающей среды.
Практически одновременно с возникновением учения об иммунитете развернулись и процессы пересмотра представлений о болезни. Ключевую роль в этом сыграло опровержение И.И. Мечниковым существовавших взглядов на воспаление как прямое последствие воздействия болезнетворного агента на клетки и ткани организма, запускающего цепь структурно-функциональных изменений в этих клетках и тканях. В 1892 г. он представил неопровержимые фактические доказательства того, что увеличение питания и размножения клеток (теория Р. Вирхова), а также повышение проницаемости сосудистой стенки (теория Ю. Конгейма) не являются первичными звеньями развития воспалительной реакции. Многочисленные экспериментальные и сравнительно-анатомические исследования И.И. Мечникова позволили установить, что «существенный и первичный элемент типичного воспаления состоит в активной реакции фагоцитов против вредных деятелей» и, таким образом, воспаление следует считать ответной защитной реакцией самого организма на воздействие болезнетворных агентов.
Поскольку на тот момент воспаление считалось самым распространенным «болезненным процессом», встречавшимся при подавляющем большинстве известных заболеваний, то изменение взглядов на сущность воспаления автоматически повлекло за собой и возникновение новых представлений о болезни. Начиная со второй половины 90-х годов XIX в., болезнь начала рассматриваться большинством врачей не просто как цепь последовательных структурно-функциональных изменений в клетках и тканях организма, а, прежде всего, как целесообразная защитная реакция организма «по отношению к болезнетворному агенту». Такой взгляд на болезнь полностью объяснял, почему в основе патологических процессов лежат сугубо физиологические механизмы, и возрождал высказанный еще Гиппократом тезис о том, что лечит Природа, а главная задача врача должна состоять в оказании ей максимально возможной посильной помощи.
Вся совокупность перечисленных выше открытий, совершенных в медицине в последней четверти XIX в., имела два важнейших последствия. Во-первых, эти открытия заложили основы формирования принципиально новой системы представлений о фундаментальных основах жизнедеятельности — нового типа научной рациональности, характеризующего третью научную революцию в медицине. Стало полностью очевидным, что организм человека это не просто совокупность множества клеток («клеточное государство»), а сложнейшая саморегулирующаяся биологическая система, обладающая относительно высокой устойчивостью к внешним возмущениям благодаря наличию множества защитно-приспособительных механизмов сохранения своей специфичности в изменяющихся условиях окружающей среды.
Во-вторых, открытия последней четверти XIX в. позволили добиться сразу нескольких крупных прорывов в диагностике, лечении и профилактике.