1961. Выполнение плана боевой подготовки 1961 г. было начато 3 марта — после освобождения гидроаэродрома ото льда. К традиционным поисково-противолодочным задачам в этом году добавились отработка воздушных стрельб и отражения атак истребительной авиации.
15 апреля имел место случай вынужденной посадки в аванпорту Лиепаи трех самолетов, выполнявших плановый полет по маршруту. Причиной послужило резкое ухудшение метеоусловий.
В этом году реструктуризация Авиации ВМФ и связанное с ней изменение системы наименований продолжались. 27 апреля, с учетом характера выполняемых эскадрильей задач, 17-я ОДПЛАЭ была переименована в 17-ю отдельную противолодочная авиационную эскадрилью дальнего действия (ОПЛАЭ ДД).
А 2 сентября в части произошла вторая трагедия с самолетом Бе-6. При выполнении полета днем потерпел катастрофу самолет б/н 06 19*. Экипаж в составе ст. л-та Игоря Дмитриева 20*, ст. л-та Якова Комардина, ст. л-та Александра Ролика, л-та Мохова и матросов Фурсенко, Клыковки и Шевченко погиб. По официальному заключению комиссии, катастрофа произошла вследствие грубой ошибки в технике пилотирования. По злой иронии судьбы перед происшествием в части прошло 5 мероприятий по линии партийно-политической работы с тематикой, прямо связанной с повышением безопасности полетов. Прежде тема безаварийности по линии политработы не затрагивалась. После катастрофы подобных мероприятий было меньше, всего три…
В течение 1961–1962 гг. часть самолетов Бе-6 прошла профилактический ремонт на заводе № 20. Продолжались и «местные» работы по совершенствованию авиатехники. В течение 1961 г. уже все самолеты были оборудованы специальными устройствами для погрузки внутрь и сбрасывания РГБ-Н.
Помимо плановой учебно-боевой подготовки выполнялись полеты на спецзадания по испытанию аппаратуры «Сетка», на оказание помощи кораблям, на радиотехническую и воздушную разведку.
1962. Всю зиму ледовая обстановка на базовом гидроаэродроме не позволяла использовать гидроавиацию. Поэтому для восстановления навыков пилотирования в марте были произведены полеты всех командиров кораблей на самолетах Ли-2 с инструкторами 263-го ОТАП. Полеты проводились примерно в течение месяца на а/с «Девау», расположенном на восточной окраине Калининграда. Летчики размещались в казармах и ездили домой только на выходные. Летали, как правило, через день и в основном в ночное время в СМУ. Этой весной «восстановительные» полеты на Ли-2 осуществлялись впервые и в дальнейшем стали ежегодными (проводились до 1969 г. включительно).
Выполнение плана боевой подготовки было начато 12 апреля. А уже в мае была проведена инспекторская проверка МО СССР. Боевая готовность части по уровню боевой выучки, содержанию и эксплуатации матчасти, а также по состоянию воинской дисциплины была оценена «удовлетворительно».
Среди новых задач эскадрильи была специальная подготовка 2 экипажей для ведения радиоразведки радиосетей УКВ в системе ПВО и управления ИА стран НАТО с привлечением группы ОСНАЗ 17-го ИРТО КБФ, а также отработка посадки в открытом море близ кораблей.
Летом впервые был выполнен полет эскадрильи на запасной г/а «Рыбачий». Посадка там, заправка и стоянка на воде были произведены в рамках полета на боевое применение. На базовый аэродром самолеты вернулись в тот же день. С тех пор полеты на «Рыбачий» выполнялись ежегодно, вплоть до переучивания на амфибии Бе-12, запасными для которых стали сухопутные аэродромы.
В июле эскадрилья принимала участие в учениях ВВС КБФ по отработке действий авиации по уничтожению корабельных группировок в море и защите своих морских сообщений в начальный период войны, а также по поиску, преследованию и уничтожению ПЛ противника самостоятельно и во взаимодействии с кораблями ПЛО.
В октябре началось переоборудование двух самолетов в спасательный вариант 21*.
1963. В соответствии с планом БП с 14 марта по 19 апреля проводились полеты на самолетах Ли-2 (а/с «Девау»). Эскадрилья налетала 124 часа, или 12 часов на каждого летчика. Сразу после этого началось выполнение плана боевой подготовки непосредственно на базовом аэродроме. За год все экипажи должны были отработать посадку в открытом море.
С 30 июля по 5 августа боевая готовность эскадрильи проверялась группой офицеров органов управления Авиации ВМФ и Главного политуправления СА и ВМФ. Боевая выучка, содержание и эксплуатация матчасти, а также состояние воинской дисциплины оценены «удовлетворительно».