1996. 8 февраля первый вылет на маршрут с аэродрома «Храброво» совершил экипаж командира корабля — инспектора штаба ВВС БФ п-ка Косарева А.М. (на Бе-12ПС б/н 31). В тот же день состоялся первый вылет на боевую службу. Его совершил экипаж к-на Бобкова К.А.
Первое боевое применение с нового места базирования выполнено 28 февраля. Бомбометание на полигоне Б-191 совершил экипаж м-ра Кудрявцева Г.М. (на Бе-12 б/н 07).
С 19 по 24 марта — впервые с нового места базирования — эскадрилья принимала активное участие в учениях БФ. Осуществлялся поиск ПЛ. сбросом мишеней М-6 обеспечивались артиллерийские стрельбы кораблей всех классов (эсминцев, сторожевых кораблей, малых противолодочных и малых ракетных кораблей, тральщиков и больших десантных кораблей). Силы флота обеспечивались для решения поставленных им задач по боевой подготовке зимнего периода обучения.
Спустя месяц — с 18 по 23 апреля — эскадрилья вновь участвовала в учениях сил флота. 18 апреля экипаж к-на Грайло (на Бе-12 б/н 26) осуществили проверку постов минных наблюдений, постановку мин (бомбами) в назначенном районе. В тот же день на этом же самолете экипажи к-на Бобкова К.А. и к-на Кремлёва А.В. осуществили тактический поиск ПЛ в назначенном районе во взаимодействии с КПУГ. Кроме того, экипаж Бобкова К.А. осуществил сброс мишеней М-6 с целью обеспечения артиллерийских стрельб флота. Первое торпедометание с нового места базирования было выполнено 23 марта. Экипажи самолетов б/н 07 к-на Кремлёва А.В. и б/н 26 к-на Грайло выполнили торпедометание по дрейфующему имитатору ПЛ МГ-34.
1 августа экипаж п-ка Косарева А.М. на самолете Бе-12ПС б/н 31 выполнил первый после перебазирования полет с посадкой на воду и последующим возвращением на а/с «Храброво».
По 1 сентября 1996 г. задачи, стоявшие перед эскадрильей, были в основном выполнены. Итоговая оценка боевой подготовки и воинской дисциплины — «удовлетворительно». Однако морально-психологическое состояние личного состава резко снизилось. Причин было много: незавидное материальное положение, неуверенность в завтрашнем дне, отрыв военнослужащих от семей, оставшихся в гарнизоне «Коса», задержки в выплате денежного довольствия.
1 сентября 1996 г. — ровно через год после перебазирования — следующая значимая дата в истории противолодочной эскадрильи: 49-я Таллинская Краснознаменная орденов Ушакова и Нахимова отдельная противолодочная авиационная эскадрилья и 397-я отдельная транспортная авиационная эскадрилья переформировываются в 316-й Таллинский Краснознаменный орденов Ушакова и Нахимова отдельный смешанный авиационный полк с передачей ему Боевого Знамени, почетного наименования, орденов СССР и исторического журнала, принадлежащих 49-й ОПЛАЭ. При этом штатная численность Бе-12 была понижена с 11 до 9 самолетов. Переформирование было закончено 1 сентября. На этом историю 49-й ОПЛАЭ можно было бы считать завершенной, но жизнь (существование) противолодочной авиации еще продолжалась, на какое-то время остались и люди, и техника. А значит — дописывалась История.
Первая летная смена смешанного полка состоялась 5 сентября. Летали экипажи п/п-ка Дубровского Н.А. и м-ра Егошина — на Ан-26 б/н 27, и п-ка Косарева А.М. и п/п-ка Малкова И.В. — на Бе-12 б/н 25.
16 октября 1996 г. было отмечено уникальным инцидентом в истории самолетов Бе-12. В этот день полк выполнял задание по обеспечению ходовых испытаний тяжелого атомного ракетного крейсера «Петр Великий» на переходе морем из Санкт-Петербурга в базу флота «Балтийск». Задачу выполнял экипаж м-ра Бобкова К.А. со штурманом к-ном Филатовым А.С. Кроме Бе-12 крейсер «сопровождала» пара самолетов-разведчиков «Вигген» ВВС Швеции. Противолодочный самолет стал дня них еще одним «объектом внимания». В одном из эпизодов «совместного маневрирования» ведомый шведской пары Иоран Карлссон не справился с управлением, и его самолет врезался в воду, в результате чего почти полностью разрушился. Пилот погиб.