А в начале июня 1998 года лётчики полка отрабатывали элементы высшего пилотажа под руководством легендарного лётчика-испытателя Виктора Пугачева. Полёты проводились на Су-27УБ.
20 августа 1999 года в ходе сбор-похода кораблей Балтийского флота впервые в системе ПВО страны был приме нён новый тактический приём. Ракетой Р-27Э летчик полка гв.м-р А.С. Смышляев произвел поражение крылатой ракеты-мишени попаданием вдогон в заднюю полусферу. Тем самым была подтверждена возможность уничтожения истребителем Су-27 целей на отставании истребителя с разницей скоростей 500- 600 км/час.
По итогам 1997-1999 годов 689-й ГвИАП объявлялся лучшим среди летных частей Морской Авиации Балтийского флота… А в 2001 году, уже на спаде уничтожающей волны оргштатных мероприятий (ОШМ), Генштаб издал директиву о переформировании прославленного полка в простую «номерную» эскадрилью. Стоило огромных усилий отменить это «мудрое» решение.
Летом 2002 года полк перебазировался на аэродром Чкаловск, где, по замыслу руководства 1енштаба и Министерства обороны, должны сосредоточиться несколько авиационных частей, дислоцированных в Калининградской области*.
Перебазирование в Чкаловск, расположенный примерно в 25 км северо- западнее Нивенского, было осуществлено силами полка в сжатые сроки, несмотря на неполную техническую готовность «нового» аэродрома для эксплуатации Су-27. Поэтому группа из семи истребителей (борта 01, 04, 10, 31, 32, 61 и 64) в августе 2002 года была временно перебазирована на аэродром Храброво , и лишь в сентябре эти машины перелетели в Чкаловск. Остальные самолёты перевозились на чкаловский аэродром по автомобильным дорогам в ночное время в течение июня – августа. Предварительно силами технического состава полка от фюзеляжей отстыковывались консоли, оперение и извлекались двигатели. По прибытии на новое место оперативно осуществлялся монтаж агрегатов. Так завершался 50-летний период базирования 689-го ГвИАП в Нивенском.