В 1963 году ОКБ Туполева закончило конструкторские работы по летающему классу-лаборатории на базе Ту-104 по заказу авиации ВМФ. Проект получил обозначение Ту-104Ш (штурманский). На борту предполагалось размещение четырех учебных мест: одного — для тренировочных работ с ракетными комплексами К-1 ОС/КСР-2/КСР-5 и грех — со штурманской навигационной аппаратурой. Для будущих летающих классов флоту выделили два «сто четвертых» (зав. 7350502 и 7660301, гражданские регистрационные обозначения, соответственно, — СССР-42342 и СССР-42347), использовавшихся прежде как штабные самолеты. Один Ту-104Ш предназначался Тихоокеанском)' флоту, второй — 33-му ЦБП. В работах по созданию учебного комплекса Ту-104Ш принимали участие АРЗ (авиаремонтный завод) № 20 в г. Пушкине под Ленинградом (предприятие ВМФ, проводившее работы по переоборудованию этого и последующих «трейнеров»), ленинградское НПО «Ленинец» (разработчик поисково-прицельной РЛС «020» Ту-16К-10) и ОКБ Микояна (разработчик ракеты К-1 °C). «Гвоздем» программы оборудования Ту-104Ш стала установка на самолет носовой части Ту-16К-10 с размещением внутри РЛС «020» из комплекта системы ЕН. Стеклянный переплет кабины штурмана демонтировали, вместо него поставили гермошпангоут. Теперь наружный свет попадал на рабочее место штурмана через единственный иллюминатор над головой. Носовую часть ракетоносца смонтировали с помощью дополнительного силового набора, передававшего нагрузки на внешнюю поверхность кабины штурмана Ту-104. Предусматривалась симметричная установка двух подкрыльевых балочных держателей БД-352 для подвески гондол с системами и агрегатами ракет. Вместо люка заднего багажного отсека вмонтировали приемопередатчик допплеровского измерителя скорости и утла сноса ДИСС-1. Радионавигационную станцию РБП-4 на «подбородке» «сто четвертого» сменила РЛС РТК «Рубин» из комплекта РЭО Ту- 16К-11-16, закрытая «родным» обтекателем.
Первый Ту-104Ш (зав. 7350502) был передан заказчику в 1964 году, а в 1966 году улетел на Дальний Восток и второй (зав. 7660301). В 1968 году оба Ту-104Ш были дооборудованы пятым учебным местом для тренировочной работы со станцией «Рица» 3*, блок антенн которой установили на верхней части обтекателя перед лобовыми стеклами пилотов.
В середине семидесятых мощь авиации ВМФ существенно возросла с посту плением на вооружение «Бэкфайров». Первые два самолета Ту-22М 1 флот получил в 1973 году из предсерийной партии, затем начали поступать Ту-22М2. Машины качественно отличались от «шестнадцатых» не только по возможностям, но и но стоимости. При эксплуатации остро встала проблема экономии ресурса самого дорогого на то время советского ракетоносца. Немаловажное значение имело и то обстоятельство, что авиация флота даже в то время не имела такого финансирования (разумеется в относительном исчислении), как ВВС. Поэтому морские летчики и штурманы не имели возможности тренироваться на таких тренажерах Ту-22М. какие были в распоряжении их коллег на базах Дальней Авиации. На фоне общего мощного развития вооружений той эпохи это можно рассматривать лишь как нюанс, который, однако, привел к разным системам подготовки летного персонала внутри Минобороны.