К началу 40-х годов в ЦАГИ, несмотря на сокрушительные репрессии. продолжала функционировать сложившаяся благодаря деятельности академика С. Л. Чаплыгина научная школа аэродинамики. Костяк этой школы состоял в основном из выпускников механико-математического факультета МГУ. имеющих широкий научный кругозор и прекрасно владевших математическим аппаратом, необходимым для решения перспективных задач. Ученые высокой квалификации не могли не видеть тот. что дозвуковая аэродинамика и классические методы аэродинамической компоновки самолетов с каждым годом все ближе подходят к барьеру, для преодоления которого требуется не просто отход от сложившихся канонов. но в первую очередь широкомасштабные исследования околозвуковых и сверхзвуковых течений газа. Война, если отрешиться от общечеловеческого ее осуждения, очень существенно отразилась на жизнедеятельности института. На ритмичность исследований самым пагубным образом сказались драматическая эвакуация в Казань и Новосибирск, замораживание всех пуско-наладочных работ на экспериментальной базе в подмосковном поселке Стаханове (будущем городе Жуковский). мобилизация сотрудников в ряды действующей армии. а главное — переориентация практически всех мощностей и кадров института на решение несомненно жизненно важных, но все-таки текущих задач и запросов Военно-Воздушных Сил. Это положение подтверждается тематикой выпущенных в первую половину войны отчетов — основной научной продукции института. Конечно ЦАГИ не скатился к ремесленничеству и по-прежнему выполнял комплекс работ по аэродинамике и динамике новых скоростных истребителей, но — истребителей поршневых. И дело здесь даже не в загруженности ученых и экспериментаторов, а в жестко централизованной постановке задач Наркоматом, не допускавшей никакой несогласованной «наверху» инициативы. Возможно, именно эта железная дисциплина н позволила на деле реализовать лозунг «все для фронта — все для победы», но на опережающих исследованиях, без которых не может быть никакого прогресса в авиации, это отразилось элементарной стагнацией. Все работы по ракетному самолету «БИ» велись без должного научного сопровождения, в результате чего героические полеты Г. Я. Бахчиванджи. к сожалению, мало что привнесли в задел на будущее с точки зрения аэродинамики больших скоростей.
Ситуация начала меняться лишь в 1943 году и. видимо, не без активного вмешательства С. А. Чаплыгина, который за полгода до своей смерти, последовавшей в начале октября 1942 г… направил письмо наркому А. И. Шахурину, в котором указывал на необходимость придания задаче создания реактивного самолета статуса наивысшего приоритета в ЦАГИ.