Головной серийный МДР-6 испытывался в сентябре 1940 года. Достоинства летающей лодки в основном подтвердились, была получена весьма приличная максимальная скорость 365 км/ч на высоте 4730 м. Впрочем. остались и некоторые недостатки: вода по-прежнему заливала штурмана и — грызла» воздушные винты. Бороться за улучшение гидродинамики и добиваться повышения летных характеристик МДР-6 было поручено ЦАГН. Продувки и расчеты позволили определить возможные изменения.
ЦАГИ рекомендовал заменить крыльевой профиль МОС-27 на более совершенный RAF-38, что позволило бы уменьшить лобовое сопротивление в диапазоне максимальных скоростей на 6,5 %. Было предложено также удлинить носовую часть лодки, более плавно сочленить крыло и мотогондолы, увеличить вертикальное оперение для повышения путевой устойчивости. Все это предполагалось внедрить в последующей серии.
К декабрю 1940 года, согласно заводским отчетам, завод сдал 13 экземпляров МДР-б. Но с какими сложностями они дались! С начала 1940 года на завод 31 «свалилось» правительственное задание по выпуску ближнего бомбардировщика ББ-1 (Су-2), который должен был полностью заменить морские машины. Коллективы Бериева, Самсонова и Четверикова переводились на строящиеся заводы 30 и 288 на Московском море (ст. Савелово). Эта чехарда, естественно, ни к чему хорошему не привела, ибо известно, что всякий переезд есть маленький пожар. Этот период в производстве МДР-6 документально мало описан. Заделы по машинам передали на новый завод, где достройка летающих лодок происходила крайне медленно. Часть самолетов доводилась уже после начала войны и буквально поштучно вводилась в строй. Известно, что поздние МДР-6 получили новое вооружение, в частности, были оборудованы направляющими под реактивные снаряды РС-132. Для уменьшения заливания устанавливались брызгоотражатели, форма фонаря пилотов опять изменилась, местные усиления конструкции производились индивидуально для каждой летающей лодки. Называлась она официально уже Че-2 — после соответствующего решения Сталина о присвоении серийным самолетам обозначений по фамилиям главных конструкторов. Но в рабочие документы равноправно вошли оба названия — МДР-6 и Че-2. очевидно но аналогии с самым распространенным н советском военно- морском флоте гидросамолетом МБР-2, который моряки упорно называли привычной аббревиатурой.
Первые 8 серийных Че-2 были поставлены на Балтику в 13-й отдельный морской разведывательный авиаполк (омрап) Д. Ф. Бартовского: три самолета получила Н>-я эскадрилья. пять — 22-я. К началу боевых действий их личный состав находился в стадии освоения новой техники. Уже с началом войны прибыло еще два самолета, после чего общее количество Че-2 на Балтике составило 10 машин.4*
До середины июля 22-я авиаэскадрилья базировалась на гидроаэродроме Липово под Ленинградом. Именно к этому моменту подразделение закончило переучивание на новую машину и перебазировалось под Таллин. В течение последующих — К) дней экипажи летающих лодок вели разведку в средней и южной частях Балтийского моря, долетая иногда до побережья Германии. В ночь с 7 на 8 августа 1941 года самолеты ДБ-3 1-го минно-торпедного авиаполка произвели налет на Берлин. Это стало ответом на бомбежки немцами Москвы. В ходе подготовки к операции Чс-2 па 22-ой аэ вели активную разведку трассы полета, начиная от острова Эзель. В ночь налета гидросамолеты были рассажены на воду вдоль маршрут п. по замыслу руководителей операции, должны были играть роль световых ориентиров для пролетающих бомбардировщиков. Конечно, бортовые огни Че-2 были слабоваты для их обнаружения с большой высоты, но хоть что-то. чем ничего. Кроме этого считалось. что Че-2 вместе с находящимися в районе подводными лодками обеспечат спасение терпящих бедствие экипажей ДБ-3.
Днем 8 августа немецкие бомбардировщики атаковали некоторые цели на острове Эзель. Судя по всему, их визит был связан с ночной вылазкой ДБ-3. В результате был потерян один Че-2. стоявший на плаву у Кихельконим.
Во второй половине августа базирование гидросамолетов под Таллином стало невозможным из-за обстрела аэродрома немецкой артиллерией. 23 августа эскадрилья перелетела в Ораниенбаум. Между тем, советские войска отступали, возможности флота резко ограничились, поэтому было принято решение о выводе Че-2 с Балтики. С началом войны потери гидросамолетов составили 5 машин, из них боевые — 3.