Уже в первых городах, через которые прошло народное ополчение — Балахне и Юрьевце, — к нему присоединились новые отряды: в Балахне — Матвей Плещеев «со многими дворянами разных городов», а в Юрьевце — служилые татары. Новоприбывшие получили денежное жалованье. В районе Плеса ополчение переправилось на левый берег Волги. На подходе к Костроме прибыла делегация костромичей с предупреждением о нежелании воеводы Ивана Шереметева, ярого сторонника «семибоярщины», пускать ополчение в город. Ставленник московского боярина Мстиславского, приверженец королевича Владислава, костромской воевода приказал при появлении ополчения закрыть городские ворота. На крепостных стенах дежурили пушкари, готовые встретить земскую рать пушечными залпами. Возникла угроза военного столкновения.
Однако в Костроме вспыхнуло восстание горожан. Они схватили Шереметева и едва не убили его, не приди на помощь Пожарский. Заменив враждебного воеводу по просьбе костромичей лояльным князем Р. Гагариным и взяв с собой «многую казну» Пожарский и Минин повели ополчение дальше. В Костроме, да и повсюду в пути, они действовали как правительственная власть.
К Пожарскому прибыли гонцы из Суздаля, в котором бесчинствовал отряд атамана-воеводы Просовецкого. Суздальцы умоляли избавить их от грабежа и разбоя. Князь Дмитрий назначил суздальским воеводой своего родственника князя Романа Петровича Пожарского — брата Лопаты и во главе с ним отправил в Суздаль отряд ополченцев. Просовецкий без боя сдал город и бежал под Москву.
В начале апреля 1612 года ополчение вступило в Ярославль. Здесь ему был оказан торжественный прием: многие жители вышли встречать народное войско далеко за город, а в самом Ярославле его приветствовал весь городской люд.
Ярославль в то время состоял из трех частей. Так называемый Рубленый город был обнесен невысоким валом с деревянным острогом. К нему приминал Земляной город (посад и торговый центр), окруженный глубоким рвом с водой и валом с деревянным тыном. Вокруг были расположены слободы. В военном отношении деревянные укрепления Ярославля не представляли хорошей защиты. Более надежными были каменные стены Спасского монастыря, расположенного около Земляного города. В 1603 году монастырь выдержал длительную осаду при нападении тушинцев.
Ополчение расположилось в Земляном городе и в пригородных слободах. Началось длительное «ярославское стояние». «Поход же их замешкался», — записал летописец. Ополчение задержалось в этом говоре на целых четыре месяца. Нужно было пополнить ополчение людьми, казну — деньгами, укрепить связи с богатым северным Поморьем, волжскими городами и с Сибирью, обезопасить себя от возможных ударов в тыл со стороны шведов и казачьих отрядов. Наконец, надо было организоваться, окончательно оформиться как временная центральная власть со всеми вытекающими отсюда правами и обязанностями.
Нижегородское войско пришло в Ярославль значительно пополненным за счет присоединения к нему ополчений из других городов и уездов. В Ярославле Дмитрий Пожарский при содействии и помощи Кузьмы Минина немедленно приступил к окончательному формированию земской рати и созданию военной и административной власти.
Уже 7 апреля из Ярославля пошли грамоты по русским городам с подписями, из которых мы узнаем руководителей второго земского ополчения. Главные места выделены людям, имеющим высокий сан: первая подпись принадлежит боярину Морозову, вторая — боярину князю Владимиру Тимофеевичу Долгорукому, третья — окольничему Головину, четвертая — князю Ивану Никитичу Одоевскому, пятая — князю Пронскому, шестая — князю Волконскому, седьмая — Матвею Плещееву, восьмая — князю Львову, девятая — Мирону Вельяминову и только десятая — князю Пожарскому. На пятнадцатом месте читаем: «В „выборного человека всею землею“, в Козьмино места Минина, князь Пожарский руку приложил». За Мининым следует еще 34 подписи, в том числе князей Долгорукова и Туренина, Шереметевых, Салтыкова, Бутурлина.
Хотя фактическими руководителями ополчения, избранными народом, были Кузьма Минин и Дмитрий Пожарский, их подписи под грамотой не стоят первыми. Сказались законы местничества: сначала подписывались те, кто имел более высокое происхождение и чин.
Во время «ярославского стояния» Дмитрий Пожарский вместе со своими помощниками проделал огромную работу. В отличие от первого ополчения он создает стройную военную организацию. Пешие ратники объединяются в полки, а конные — в сотни. В каждый полк выделялся наиболее опытный в ратном деле и пользующийся наибольшим авторитетом среди ополченцев воевода. В конные отряды назначались сотники.
Пожарский строго разграничил обязанности воевод в ополчении. Они отвечали за воспитание и обучение ратников и непосредственно руководили действиями своего полка в сражении. Воевода должен был неустанно поддерживать воинскую дисциплину и быть образцом справедливости по отношению к воинам.