Микрокосм. E. coli и новая наука о жизни

Еще в 1970–е гг. ученые начали сравнивать небольшие фрагменты ДНК разных штаммов E. coli. Фрагменты оказались практически идентичными как по последовательности генов, так и по расположению в хромосоме. Ученым удалось даже найти соответствующие генные фрагменты в ДНК бактерии Salmonella enterica. На основании этих данных многие ученые полагали, что весь геном E. coli устроен по той же схеме. Им казалось, что эволюционная история E. coli была гладкой и последовательной. Бактерия — предок дала начало множеству линий, некоторые из них эволюционировали в сегодняшние штаммы. В каждой линии, естественно, возникали мутации, часть их подхватывалась естественным отбором; в этом случае мутанты вытесняли менее удачливых родичей. Горизонтальный перенос, возможно, добавил в геном несколько генов от других видов бактерий, но многие ученые, несмотря на работу Ледерберга и Ватанабэ, считали, что такой перенос всегда был редким явлением.

Когда же ученые получили наконец возможность сравнить два генома, удивлению их не было предела. В геноме каждого штамма обнаружились обширные участки ДНК, не имевшие очевидных соответствий со вторым штаммом. Оказалось, что в ДНК штамма 0157: Н7 присутствует 5,5 млн пар нуклеотидов, тогда как у К-12 их всего 4,6 млн. Примерно 1,34 млн пар нуклеотидов штамма 0157: Н7 попросту отсутствуют у К-12, а более чем 0,5 млн пар нуклеотидов К-12 не имеют соответствия в ДНК 0157: Н7. Кроме того, ученые составили карту обоих геномов; картина получилась аналогичная. У штамма К-12 есть 4405 генов, из которых 528 не имеет аналога в геноме 0157: Н7; примерно 1387 генов штамма 0157: Н7 отсутствуют в геноме К-12.

Каждый из рассмотренных геномов напоминает круг на диаграмме Венна[21]. Пересечение кругов штаммов К-12 и 0157: Н7 представляет основу генома — гены, присутствующие в обоих штаммах и унаследованные бактериями от общего предка. После расхождения линий каждая из них приобрела немало новых генов. Речь, разумеется, не только о тех нескольких генах, которые обеспечивают бактерии резистентность к антибиотикам. Оба штамма приобрели сотни «собственных» генов, которые сегодня составляют до четверти их генома.

Через год после расшифровки генома штамма 0157: Н7 еще одна группа исследователей опубликовала расшифровку генома третьего штамма E. coli — CFT073. Он населяет кишечник, не причиняя никому вреда, но при попадании в мочевой пузырь может вызвать болезненную инфекцию. Ученые обнаружили, что геном этого штамма представляет собой третий круг диаграммы Венна для E. coli. У CFT073 есть некоторое количество генов, общих с К-12, которых нет у 0157: Н7. Некоторые его общие с 0157: Н7 гены отсутствуют у К-12. Но для 1623 генов этого штамма ученым не удалось обнаружить соответствия ни в одном из двух других штаммов. В центре новой диаграммы Венна образовалась новая сердцевина из генов, которыми обладают все исследованные штаммы E. coli. Вошло в нее всего 40 % генов. Сердцевина — основа, общая для всех штаммов вида, — сжимается.

К моменту написания этой книги уже секвенированы геномы примерно 30 штаммов E. coli, но гораздо большее число штаммов еще ждет своего исследователя. С каждым новым штаммом ученые открывают десятки и даже сотни новых генов, которых нет больше ни у одного другого штамма бактерии. У каждого есть гены, общие с несколькими другими штаммами. Список генов, общих для всех штаммов E. coli, все укорачивается, в то время как список обнаруженных хотя бы у одного штамма — расширяется. Ученые называют эту совокупность генов E. coli пангеномом. В нем в настоящий момент насчитывается около 11 000 генов, и, по некоторым оценкам, при подобных темпах вскоре их количество может превысить 18 000.

Открытие пангенома E. coli заставило ученых кардинально пересмотреть сложившиеся представления об эволюции этой бактерии. Такие характеристики, как последовательность и упорядоченность, меньше всего подходят для описания истории развития E. coli за последние 30 млн лет. С первых дней существования вида его геном получал стабильную подпитку новыми генами; часть их просто переходила от одного штамма E. coli к другому, а часть поступала извне, от других видов.