Перед смертью Грозный ввел шурина Никиту Романовича в состав опекунского совета, который должен был управлять государством за слабоумного царя Федора Ивановича. Совет вскоре же распался из-за столкновения между бывшими опричниками и земским руководством. Титулованная знать выражала полное пренебрежение к слабоумному царю. Ближайшая родня монарха — Захарьины и Годуновы должны были объединиться, чтобы сохранить трон за недееспособным самодержцем.
Смертельно заболев, правитель Никита Романов заключил «завещательный» союз не с земскими удельными князьями, а с царским шурином Борисом Годуновым. Его попечению Романов вверил своих молодых сыновей. В апреле 1586 года Никита умер.
Союз между Романовыми и Годуновым продержался в течение десятилетия. Старший сын Никиты Романова Федор еще при жизни отца получил боярский чин, а его брат Александр был пожалован в кравчие.
В соответствии с традицией высший думный чин могли получить лишь люди почтенного возраста. Поскольку Ф.Н. Романов попал в думу, будучи молодым человеком, он не сразу вошел в число начальных бояр. В списке бояр царя Федора 1588—1589 годов он числился одиннадцатым. В то время он уступал «местами» Мстиславскому, Трубецким, Годуновым, Скопину-Шуйскому. Однако в самом конце 1589 года, во время похода на Нарву, Федор Романов получил высокий пост второго дворового воеводы. Спустя три года в дипломатических документах Федор Никитич уже фигурировал как один из главных руководителей ближней думы. В 1593 году грамоты к Польской Раде подписали трое ближних бояр — Федор Мстиславский, Борис Годунов и Федор Романов.
Среди братьев Романовых Федор Никитич был самой примечательной фигурой. По словам современников, он подавал большие надежды. По желанию Никиты Романовича английский агент Джером Горсей написал для Федора Никитича латинскую грамматику славянскими буквами, и «она доставила ему (Федору) много удовольствия». Как видно, отец стремился дать сыну серьезное образование.
По замечанию Исаака Массы, Федор Никитич был приветлив в обращении и «держался как царь». Он отлично сидел на коне, был красив и статен. Его одежда отличалась особым щегольством. Когда платье сидело на дворянине отменно хорошо, про него говорили: «Второй Федор Никитич». В Москве эта похвала вошла в пословицу. Любимым развлечением боярина была охота, псовая и соколиная.
В качестве двоюродных братьев и любимцев государя Романовы занимали особое положение при дворе. Родство с государем и союз с Годуновыми позволили Федору Никитичу надеяться на блистательную карьеру. Поначалу эти надежды оправдали себя. Несмотря на молодость, Федор выслужил чин главного дворового воеводы и считался одним из трех «великих ближних бояринов» — руководителей ближней царской думы. Но подспудная династическая борьба надломила успешно начатую карьеру.
Братья царя Федора — Романовы были наиболее вероятными претендентами на трон. Согласие между Романовыми и Годуновыми служило лучшим доказательством того, что правитель Борис до поры до времени не выступал с прямыми претензиями на трон.
Однако к 1591—1594 годам стало ясно, что царствующая династия обречена на исчезновение. В 1591 году в Угличе погиб младший сын Грозного царевич Дмитрий, страдавший тяжелой формой эпилепсии. Год спустя в царской семье родилась царевна Федосья. Годунов завел тайные переговоры о браке царевны с членом австрийского императорского дома. Брак должен был упрочить положение царевны как наследницы царя Федора. Смерть Федосьи в 1594 году положила конец надеждам возродить династию.
После смерти царевны былое согласие между Романовыми и Годуновыми поколебалось. По рассказу голландца Исаака Массы, в 1594 году царь Федор ездил на богомолье в
Троице-Сергиев монастырь. Последний привал был в селе Воздвиженском. По обыкновению, бояре посылали вперед холопов, чтобы занять избу для своих господ. Холопы кравчего Александра Романова облюбовали вместительную избу. Но появились холопы Бориса и силой выгнали прочь романовских холопов. Те пожаловались господину, а кравчий пожаловался государю. Федор стал на сторону брата Александра. Он сделал выговор “правителю: «Борис, Борис, ты взаправду слишком много позволяешь себе в моем царстве; всевидящий Бог взыщет на тебе».
Местнические дела, чутко реагировавшие на приближение любой политической бури, дают возможность установить время, когда борьба за трон сделала вчерашних союзников врагами.