Во МХАТе судьба пьесы тоже сложилась не очень благополучно. Репетиции затянулись на пять лет, превратившись для актеров и режиссеров в изнурительный марафон. 5 марта 1935 года спектакль (без последней картины «Смерть Мольера») был наконец показан Станиславскому. Ему постановка не понравилась, но основные претензии отец-основатель Художественного театра предъявил не к актерской игре, а к булгаковскому тексту: «Не вижу в Мольере человека огромной воли и таланта. Я от него большего жду. Если бы Мольер был просто человеком… но ведь он — гений. Важно, чтобы я почувствовал этого гения, не понятого людьми, затоптанного и умирающего… Человеческая жизнь Мольера есть, а вот артистической жизни — нет».
«Гениальный старик» словно чувствовал цензурную неприемлемость той главной идеи, которая была у Булгакова, — трагическая зависимость великого комедиографа от ничтожной власти — напыщенного и пустого Людовика и окружающей его «кабалы святош». Потому-то Станиславский стремится несколько сместить акценты, перенести конфликт в план противостояния гения и не понявшей его толпы. Даже сатирическая направленность творчества Мольера, очевидно, казалась Константину Сергеевичу не столь опасной. Станиславский считал: «Ведь Мольер обличал всех без пощады, где-то надо показать, кого и как он обличал». 22 апреля 1935 года Булгаков отправил ему письмо, где отказался переделывать пьесу, утверждая, что «намеченные текстовые изменения… нарушают мой художественный замысел и ведут к сочинению какой-то новой пьесы, которую я писать не могу, так как в корне с нею не согласен», и предложил забрать пьесу из театра. В результате Станиславский согласился текст не трогать и решил попытаться добиться торжества своих идей только посредством режиссуры и игры актеров. На этот раз его система не сработала, труппа практически не смогла играть в предложенном ключе. В конце мая 1935 года Станиславский отказался от репетиций. За постановку взялся Немирович-Данченко.
Тем временем в стране развертывалась очередная идеологическая кампания. 28 января 1936 года Елена Сергеевна записала в дневнике: «Сегодня в „Правде“ статья без подписи „Сумбур вместо музыки“. Разнос „Леди Макбет“ Шостаковича. Говорится о „нестройном сумбурном потоке звуков“… Что эта опера — „выражение левацкого уродства“… Бедный Шостакович — каково ему теперь будет». Она еще не предполагала, что начавшаяся кампания по борьбе с формализмом очень скоро заставит ее и окружающих думать «Бедный Булгаков!», поскольку самым печальным образом скажется на судьбе «Мольера».
5 февраля 1936 года прошла первая генеральная репетиция, с публикой, а 16 февраля состоялась премьера «Мольера». Е. С. Булгакова записала в дневнике 6 февраля 1936 года свои впечатления от генеральной репетиции «Мольера»: «Вчера, после многочисленных мучений, была первая генеральная „Мольера“, черновая. Без начальства. Я видела только Аркадьева (директора МХАТа. —
Несмотря на видимый зрительский успех, Елену Сергеевну терзали дурные предчувствия. 11 февраля она записала в дневнике: «Сегодня был первый, закрытый, спектакль „Мольера“ для пролетарского студенчества. Перед спектаклем Немирович произнес какую-то речь — я не слышала, пришла позже. М. А. сказал — „ненужная, нелепая речь“. После конца, кажется, двадцать один занавес. Вызывали автора, М. А. выходил. Ко мне подошел какой-то человек и сказал: „Я узнал случайно, что вы — жена Булгакова. Разрешите мне поцеловать вашу руку и сказать, что мы, студенты, бесконечно счастливы, что опять произведение Булгакова на сцене. Мы его любим и ценим необыкновенно. Просто скажите ему, что это зритель просил передать“. После спектакля нас пригласили пойти в Клуб мастеров — отпраздновать новый спектакль. Пошли: Станицын, мы, Шверубович Дима, Яншин, Вильямс, почему-то Раевский с женой. Было ни весело, ни скучно. Но когда подошли к нашему столу Менделевич и Юрьев — стало хуже. Танцевали».