В гомеровском эпосе Артемида выступает как повелительница животных и богиня-охотница. В геометрический и классический периоды ее часто изображали стоящей между двумя дикими зверями, которых она держала на цепи, символизировавшей их подчинение Артемиде.
Похожая сцена встречается и на минойской гемме. Та же самая богиня появляется и в других ипостасях. Важнейшей из них является отождествление греческой Артемиды как повелительницы природы с великой эфесской богиней, которой поклонялись во всей западной Анатолии, иначе говоря, с образом Богини-Матери. Оно показывает, что в древности Артемида была самым важным божеством, культ которого со временем угас и функции, соответственно, сузились.
В более поздние времена Артемида появлялась только как охотница-девственница, хотя и сохраняла свои функции покровительницы деторождения и сестры-близнеца Аполлона. Первоначально их родственная связь не подчеркивалась. Богиня домашнего очага ассоциировалась со змеей и птицей (хотя последняя может быть и олицетворением других божеств). Она может также идентифицироваться с богиней-защитницей, о которой говорится на известковой табличке, найденной в Микенах, таким образом, к ее функциям добавляется и покровительство крепости.
Данный образ вызывает ассоциации с Афиной, которая в храме Эрехтейон, расположенном в афинском Акрополе, изображена со змеей, птицей, щитом и деревом, а в гомеровском эпосе действовала как богиня-воительница, сражаясь на стороне любимых ею греков.
На основании табличек Посейдона, брата Зевса, можно рассматривать как главного бога Пилоса. Отражение данной функции присутствует и в гомеровском эпосе, где говорится, что Нестор принес девять раз девять быков в жертву богу – сотрясателю земли Посейдону. Известно, что Посейдону также поклонялись и в образе коня, считавшегося воплощением плодородия. Возможно, эта его ипостась была унаследована от первоначального кочевого образа жизни с прародины греков. Связь Посейдона с морем, похоже, была установлена позже. По-видимому, на него повлиял экстатический культ Диониса, существовавший еще в архаический период. Данное предположение подтверждает обнаружение его имени на табличках.
Культ Посейдона происходит из Фригии и Лидии, где он являлся божественным сыном великой Богини-Матери, почитаемой в Малой Азии. С этим образом связано и появление в его культе змеи. Видимо, культ Диониса был перенесен в Дельфы с Крита, прародины мистических верований. Со временем его культ вытеснил культ Аполлона как победителя змея Пифона. Но в соответствии с греческой традицией в Дельфах еще до Аполлона поклонялись Гее, богине Земли.
Изображение бога – покровителя животных часто встречается в микенской иконографии, что может указывать и на его особые функции как супруга Богини-Матери. Профессор Нильссон экспериментально идентифицировал его с Аполлоном, богом-стреловержцем, насылающим болезни и смерть, а также выступающим в качестве целителя. Он полагал, что соединение двух указанных функций в дальнейшем могло привести к появлению пары Аполлона с Артемидой, одной из функций которой была способность повелевать жизнью и смертью.
В отличие от более ранних времен в микенскую эру богов не почитали в больших храмах. Очень часто местом поклонения была небольшая пещера или гробница. Даже в большом дворце Миноса, расположенном в Кноссе, местом поклонения служило лишь небольшое личное святилище, стоявшее в центре двора, окруженного со всех сторон огромными зданиями.
Фундамент постройки сохранился, и по осколкам фресок можно восстановить ее изысканный и красочный фасад. Здесь не было культовых статуй, только внутри святилища размещались две небольшие статуэтки из хрупкого фаянса. Некоторые ученые считают, что это изображения богини-змеи и ее жреца.
В другой части дворца сохранилось такое же скромное святилище, но оно относится к другому периоду. Оно известно под названием «Усыпальница двойных топоров» и появилось уже после разрушения дворца. Оно также отличается небольшими размерами, как и все находящиеся в нем предметы. Обнаружено несколько терракотовых фигурок богини и ее жрецов (один из них мужского рода), помещенных на низком помосте вместе с двумя парами жертвенных рогов из оштукатуренной глины, каждый из которых мог поддерживать двойной топор. Рядом с рогами обнаружен один очень маленький каменный двойной топор. Перед помостом располагается более низкий пьедестал, на нем, видимо, размещался круглый стол с подношениями. На втором подносе, стоявшем на полу, и перед ним размещалось несколько чашек, кувшины, амфоры, чаши и узкогорлый кувшин, использовавшийся для культовых целей.
Похожие святилища известны и в других местах на Крите, но в материковой части Греции они встречаются редко. Только одно напоминает описанное выше святилище из Кносса. Его обнаружили в Асине, одном из южных портов микенской столицы. Оно располагается в углу длинной комнаты с двумя рядами колонн, указывающих на ее священное предназначение.