От Полициано, единственного свидетеля встречи двух непримиримых врагов, стало известно, что прежде чем приступить к отпущению грехов, Савонарола, нагнувшись к лежащему Лоренцо, спросил властным голосом, держа в руке крест:
— Ответь мне, как на духу: подтверждаешь ли ты веру в Бога, готов ли раскаяться в грехах и без страха предстать пред ликом смерти?
На все его требования Лоренцо смог ответить лишь кивком головы, после чего суровый монах прочёл отходную молитву. Благословив умирающего, Савонарола стремительно вышел и уехал прочь, ни с кем не попрощавшись, что выглядело более чем странно, ибо собравшиеся с нетерпением ждали от монаха слов утешения и поддержки.
Когда все бросились к Лоренцо, его душа уже отлетела вместе с последним вздохом. Это произошло ночью в воскресенье 8 апреля 1492 года. Лоренцо Великолепному было сорок два года. Рыдающий Полициано опустил ему веки, а врач Леони накрыл лицо простынёй.
Позднее сподвижники Савонаролы представили сцену последних минут жизни Лоренцо Великолепного в совершенно ином ключе. Согласно этой версии, монах после отказа Лоренцо предоставить полную свободу своим подданным в гневе покинул его нераскаянным. Такое вряд ли могло произойти, поскольку истинный священнослужитель, каким и был Савонарола, никак не мог отказать в отпущении грехов умирающему, сколь бы ни велика была его неприязнь к Медичи.
Обезумевший от горя Микеланджело убежал в парк. Он впервые в жизни столкнулся со смертью, унесшей прямо на глазах жизнь дорогого ему человека, которого он любил больше, чем родного отца. Всё померкло перед глазами, и невозможно было поверить в свершившееся. Всю ночь он провёл в парке и, ослепнув от слёз, бродил, натыкаясь на деревья, пока от усталости не свалился и не уснул распростёртым на земле.
Первые лучи солнца разбудили Микеланджело. Он подошёл к колодцу, чтобы обмыть заплаканное и перемазанное землёй лицо. Но заглянув вниз, он в ужасе отпрянул, увидев там мёртвое тело, и убежал прочь, призывая людей на помощь. Когда из колодца вынули утопленника, им оказался врач Леони. Видимо, бедняга винил себя за то, что неверно лечил обожаемого Лоренцо, и поверив в свой гороскоп, по которому ему было суждено умереть в воде, покончил с собой столь странным образом. Правда, была ещё одна версия гибели врача, в которой фигурирует имя Пьеро Медичи, отомстившего якобы за смерть отца лекарю, что вполне возможно, учитывая злобную натуру старшего сына Лоренцо.
Ранним апрельским утром вереница карет, обитых чёрным крепом, двинулась за катафалком с телом усопшего в сторону Флоренции под скорбный гул колоколов окрестных церквей. На всём пути следования траурной процессии вокруг бурлила жизнь. Крестьяне, радуясь погожему дню, трудились на полях, распустившиеся деревья наливались соком, и печальная вереница карет выглядела чем-то противоестественным на фоне природы, пробудившейся после зимней спячки.
В одном из экипажей сопровождения рядом с Пико делла Мирандола и Полициано сидел, сжавшись в комок, Микеланджело. Он всё ещё не мог прийти в себя и осознать до конца случившееся.
Тело Лоренцо было установлено в церкви Сан Лоренцо, куда устремились тысячи флорентийцев проститься с правителем. Но отпевание прошло в кругу родных и близких, как того пожелал покойный.
С уходом из жизни Лоренцо Великолепного закрылась одна из славных страниц в истории Италии. Он появился на стыке двух эпох — умирающего Средневековья и набирающего силу Возрождения, оставив о себе в памяти народа образ мудрого успешного правителя и благодетеля страны, давшего мощный импульс развитию искусства и культуры. Лоренцо сумел освободить собственную жизнь от политического честолюбия, дворцовых интриг, мелочной суеты и следовать путём истины, добра и любви, иными словами — путём Христа и Платона. За годы его правления Флоренция ещё больше укрепила своё положение общепризнанного центра гуманизма, передовой культуры и благосостояния. Как негасимый источник света и разума, она привлекала к себе все богатства человеческого духа.
На третий день после смерти Великолепного Синьория и Большой совет попросили Пьеро Медичи занять место покойного отца. Тогда же был обнародован декрет с выражением глубокой благодарности и признательности Лоренцо от имени всех флорентийцев. В нём перечислялись его великие заслуги как мудрого правителя, пекущегося о благе подданных.