Преемник Климента Павел III Фарнезе был последним папой, для которого вопросы искусства играли какую-то роль. Положение католической церкви было не таково, чтобы глава ее мог уделять много внимания меценатству. Протестантизм наступал, и атаки его становились все серьезнее. Нужно было принимать меры, и без промедления. Папа был уже стар и не обладал боевым темпераментом. Его гораздо больше заботило, как обеспечить многочисленную родню, которая обступила его трон, алчно требуя богатств, княжеств, кардинальских шапок и вообще всего, что папа мог дать. Но около него были советники, которые хорошо понимали опасность переживаемого церковью кризиса. Вождем их был кардинал Караффа, истинный вдохновитель католической реакции, и Павел должен был позволить этим более молодым фанатикам вести себя на поводу. Он долго противился утверждению ордена иезуитов, но в конце концов утвердил его (1540), долго не разрешал злобной реорганизации инквизиционного трибунала, но в конце концов разрешил, долго не хотел созывать собор, но в конце концов созвал (1545) в Триденте яростный синедрион сторожевых псов контрреформации. Искусство было той сферой, где папа отдыхал. Когда он занимался вопросами искусства, никто не говорил ему о протестантах, об иезуитах, об инквизиционных кострах; там он мог забыть на короткое время, что нужно благословлять истребление людей огнем и мечом во славу церкви.
О Микельанджело Павел вспомнил сейчас же. Ему было хорошо известно, что у его предшественника были разговоры с художником о росписи алтарной стены Сикстинской капеллы фрескою «Страшного суда». Павел почти сейчас же после своего водворения в Ватикане послал за художником и предложил ему работать исключительно для него. Микельанджело ответил, что он не может, ибо должен сначала довести до конца памятник Юлию II. Тогда, по словам Кондиви, папа рассердился и воскликнул: «Тридцать лет я лелеял это желание, и даже теперь, сделавшись папою, я не могу его удовлетворить!» Словом, все повторялось уже в третий раз с фатальной, способной привести в отчаяние даже более спокойного человека, неотвратимостью. И опять, как при Льве, как при Клименте, злополучный памятник Юлию отодвигался на задний план. Микельанджело был вне себя. В первом припадке растерянности он хотел, как при Юлии, бежать из Рима не то в Геную, не то в Урбино, но, успокоившись, очевидно, сообразил, что все равно скульптур юлиева памятника вывезти он не сможет. И «боясь — для этого были все основания — величия папы, никуда не поехал и стал надеяться, что убедит папу разумными доводами». Но Павел, не столь бурный, как Юлий, был так же упрям, и все «разумные доводы» отскакивали от него, как стрелы от стального панцыря. Однажды он просто пришел в гости к Микельанджело в его скромную мастерскую в сопровождении «восьми или десяти» кардиналов. Это была великая честь. Художник должен был быть очень польщен. Прежде всего папа пожелал увидеть картоны «Страшного суда», потом осмотрел все статуи, приготовленные для памятника Юлию. Присутствовавший при этом кардинал Гонзага сказал, указывая на «Моисея», что его одного хватит, чтобы увековечить память папы Юлия. Павел немедленно с ним согласился и снова стал уговаривать Микельанджело работать для него, и, когда тот продолжал упорствовать, пообещал уладить дело с герцогом Урбинским. «Я сделаю так, — сказал папа, — что он удовольствуется тремя статуями твоей работы, остальные же три сделают другие».
Художник вынужден был согласиться. 1 сентября 1535 года появилось папское бреве с назначением его «главным архитектором, скульптором и живописцем апостолического дворца», с содержанием в 1200 золотых скуди ежегодно.
Памятник Юлию опять отошел на второе место, и творчество Микельанджело снова направилось по другому руслу. Он вернулся в Сикстинскую капеллу, чтобы писать «Страшный суд».