Разочаровавшись к началу XX века в позитивизме, Унамуно всю последующую жизнь держится на стороне веры. Глубоко прочувствованная кризисная национальная ситуация конца XIX века (1898 г.), предчувствие общеевропейского «экзистенциального кризиса» заставляют Унамуно обратиться к проблемам истории и личности, которые он пытается решать с позиций экзистенциальной философии. В исторической реальности он видит два слоя: внешний (собственно история) и внутренний (так называемая «интраистория», внутренняя история). К собственно истории относится все, что лежит на поверхности и доступно познанию. Наука истории (внешней истории), не будучи способной вскрыть истинные причины, соединяющие и разъединяющие людей, группирует их (то есть соединяет и разъединяет) по чисто формальным, поверхностным и преходящим признакам в национальные, политические, религиозные, государственные сообщества. Подлинное, экзистенциальное бытие, интимное, иррациональное, непознанное и непознаваемое есть интраистория, так сказать «осадок» внешней истории, ее квинтэссенция. Именно элементы интраистории объединяют людей: язык, народ, душа народа, культура. Смысл исторического процесса как раз и состоит в том, чтобы внешнесобытийное превратилось в интраисторию, то есть в подлинно реальное. Одну из подлинных реальностей испанской интраистории Унамуно видит в образе Дон Кихота. Безумец Дон Кихот, противостоящий практицизму внешнего мира, есть образец истинной, подлинно реальной жизни. «В жизни Дон Кихота реальностью являются не ветряные мельницы, а гиганты. Мельницы — это нечто феноменальное, кажущееся, а гиганты — ноуменальное, вещественное». В памфлете «Жизнь Дон Кихота и Санчо» (1905) Унамуно развивает концепцию так называемого «кихотизма», своеобразного варианта испанской экзистенциальной философии и религии, с помощью которых можно, по его мнению, не только разрешить «проблему Испании», но и выйти из всеевропейского кризиса духа. Отсюда его призыв «испанизировать Европу», «кихотизировать» ее, с тем чтобы возвратить ей те подлинные духовные ценности, которые она давным-давно утратила.
Унамуно понимает личность (истинную личность) как человека, обладающего трагической и страстной устремленностью к предмету веры, способного реализовать свою волю, направленную на достижение идеала, наделенного свойством выбирать и решать. Индивид, не имеющий этих свойств, не является подлинной личностью, ибо он лишен реальности внутреннего содержания, общественно пассивен, заражен отвратительным конформизмом.
В концепции личности центральное место занимает жажда бессмертия, возникающая из-за ограниченности человеческого существования. Понимая реальность как результат творческого акта веры и воли, Унамуно утверждает, что возможность сохранения личности после физической смерти находится в прямой зависимости от активного стремления этой личности к бессмертию. «Я не утверждаю, — писал Унамуно, — что мы заслуживаем того света или что логика доказывает нам его существование. Я заявляю, что он нужен мне, все равно, заслуживаю я его или нет. Я заявляю, что все происходящее меня не удовлетворяет, что я жажду бессмертия и что без него мне на все наплевать. Мне оно необходимо…» («О трагическом ощущении жизни у людей и народов», 1913). Через три десятка лет эту мысль Сартр выразит в следующих чисто экзистенциалистских словах и понятиях: «Мы имеем все шансы умереть раньше, чем выполним нашу задачу, в противном же случае — пережить ее и самих себя. Смерть является не моей возможностью не осуществлять и дальше мое присутствие в мире, а возможным в любое время исчезновением, превращением в ничто моих возможностей… Глупо, что мы родимся, глупо, что мы умираем» («Бытие и ничто», 1943).
С идеей бессмертия тесно переплетаются религиозные воззрения Унамуно. Они настолько своеобразны, что в критической литературе об Унамуно ярлыки деиста или католика нередко сменяются на прозвище «отъявленного еретика». Позиция Унамуно в отношении религии очень сходна с экзистенциалистским богоискательством. Бог — Христос или Дон Кихот — нужен Унамуно потому и постольку, поскольку вера в него есть прежде всего внутреннее побуждение к действию и стимул человеческого объединения. Однако, как это явствует из автобиографической повести «Святой Мануэль Добрый, мученик», самому Унамуно не хватало веры, она не стала для него источником подлинной реальности.