Между F-6 и JJ-6 имелся ряд существенных отличий. Фюзеляж учебной машины удлинили на 0,65 м, чтобы разместить кабину инструктора. Увеличилась площадь подфюзеляжного гребня. Если на F-6 фонарь кабины сдвигался назад, то на JJ-6 они откидывались на правый борт. Кабины были разделены прозрачной перегородкой, и каждая из них имела свою систему наддува. Органы управления в передней кабине автоматически блокировались, если инструктор брал управление на себя. Для связи между членами экипажа китайцы установили советское переговорное устройство СПУ-2П. Мачту антенны перенесли с правого борта на гаргрот за кабиной.
Вместо одного подфюзеляжного гребня появилось два боковых, большей площади. Это позволило увеличить устойчивость машины, ухудшившуюся из-за удлинения фюзеляжа. Все JJ-6 были оснащены контейнером тормозного парашюта в основании киля и пилонами на передней кромке крыла.
JJ-6 использовался не только для обучения пилотов истребителей J-6, но и штурмовиков Q-5 (А-5). В полках Q-5 было по несколько JJ-6, которые также использовались для повышения летного мастерства пилотов.
FT-6
JJ-6 поставлялся ряду государств под обозначением FT-6 (Fighter Trainer). Внешне эти самолеты не отличались от китайских машин. Сошедшие с конвейера FT-6 имели цвет неокрашенного металла или были полностью покрашены в белый цвет, хотя некоторые самолеты пакистанских ВВС несли камуфляж.
Пакистанские FT-6 получили такие же доработки, как и F-6, но на них не устанавливались пилоны для ракет AIM-9 "Сайдвиндер". Мачта антенны, демонтировавшаяся на пакистанских F-6, сохранилась на FT-6, но была также установлена антенна на левом борту носовой части. Как и F-6, учебные самолеты были оснащены катапультными креслами Мартин-Бейкер PKD 10. Не все покупатели F-6 приобретали и FT-6. Так, к примеру, для переучивания на F-6 албанские ВВС использовали МиГ-15УТИ и JJ-15 и не имели на вооружении FT-6.
FT-6 также экспортировались в страны имевшие на вооружении штурмовики А-5С, а именно в Бангладеш и Пакистан, купившие ударные самолеты в 1983 году.