Учитывая все это, Ставка ВГК в 22 часа 14 июля своей директивой № 220145 ориентировала командующих войсками 3-го, 2-го, 1-го Белорусских и 1-го Украинского фронтов о следующем. «Наши войска, действующие на территории Литовской ССР, и в западный областях Белоруссии и Украины, вошли в соприкосновение с польскими вооруженными отрядами, которыми руководит польское эмигрантское правительство. Эти отряды ведут себя подозрительно и действуют сплошь и рядом против интересов Красной Армии.
Учитывая эти обстоятельства, Ставка Верховного Главнокомандования приказывает:
1. Ни в какие отношения и соглашения с этими польскими отрядами не вступать. По обнаружении личный состав этих отрядов немедленно разоружать и направлять на специально организованные пункты сбора для проверки.
2. В случае сопротивления со стороны польских отрядов применять в отношении их вооруженную силу.
3. О ходе разоружения польских отрядов и количестве собранных на сборных пунктах солдат и офицеров доносить в Генштаб»34.
Операция по разоружению частей АК началось с утра 18 июля, и к 12 часам 20 июля войсками 3-го Белорусского фронта было разоружено более 6 тыс. человек. К началу августа число разоруженных войсками 3-го Белорусского и 1-го Прибалтийского фронтов выросло до 8 324 человек35. Схожая ситуация сложилась и в Западной Украине, где отряд АК 23 июля попытался выбить германские войска из Львова, но был вынужден отступить. Город был освобожден 27 июля войсками 1-го Украинского фронта, а частям АК было предложено либо влиться в состав 1-й польской армии, либо разоружиться36.
В 23 часа 40 минут 31 июля Ставка ВГК направила командующим войсками 1-го Украинского, 1-го, 2-го и 3-го Белорусских фронтов директиву № 220169: «1. Ввиду того, что территория Польши восточнее Вислы в большей своей части освобождена от немецких захватчиков и нет необходимости в продолжении боевой работы польских партизан на этой части территории Польши, Ставка Верховного Главнокомандования приказывает вооруженные отряды Армии Крайовой, подчиненные Польскому комитету национального освобождения, желающие продолжать борьбу с немецкими захватчиками, направлять в распоряжение командующего 1-й Польская армии (Берлинга) для того, чтобы влить их в ряды регулярной польской армии. Партизаны этого рода сдают имеющееся у них старое оружие, чтобы получить новое, лучшее вооружение.
2. Ввиду того, что вражеская агентура стремится проникнуть в районы боевых действий Красной Армии и осесть на территории освобожденной Польши под видом польских отрядов Армии Крайовой, Ставка Верховного Главнокомандования приказывает вооруженные отряды, входящие в состав Армии Крайовой или других подобных организаций, несомненно, имеющие в своем составе немецких агентов, при обнаружении немедленно разоружать. Офицерский состав этих отрядов интернировать, а рядовой и младший начсостав направлять в отдельные запасные батальоны 1-й Польской армии Берлинга. Оружие, изъятое из отрядов, сдавать на армейские артиллерийские склады.
Командующему 1-й Польской армией для этой цели сформировать к 7 августа сего года отдельные запасные батальоны: для 3-го Белорусского фронта в районе Вильно, для 2-го Белорусского фронта в районе Белостока, для 1-го Белорусского фронта в районе Люблина и для 1-го Украинского фронта в районе Ярослава.
Рядовой и младший начсостав, направленный в отдельные запасные батальоны, тщательно проверять информационному отделу 1-й Польской армии. Проверенных направлять в запасный полк 1-й Польской армии в город Люблин»37.
В тот же день Ставка ВГК направила командующим войсками 1-го Украинского, 3-го, 2-го и 1-го Белорусских фронтов директиву № 302006 о том, что мобилизацию на территории Польши проводит только ПКНО, «как правительственный орган Польского суверенного государства. По поручению Польского Комитета Национального Освобождения мобилизация может проводиться также командованием Красной Армии», а попытки любых других сил организовать мобилизацию следовало немедленно пресекать38.