Историю атонизма можно подразделить на несколько этапов: 1) Пора “первоначальных солнечных обозначений” — с момента воцарения Аменхотепа IV до третьего года царствования. Фараон добавляет к своему тронному имени имя Уэнра (“Единственный, принадлежащий Ра”), подчёркивая свою приверженность Солнцу в противовес главному государственному богу Амону. Атон начинает косвенно упоминаться как божество. 2) “Строчное солнечное имя” — 3–4 гг. царствования, Атон, как бог, почитается под именем “Да живёт Ра-Хорахте, ликующий на небосклоне в имени своём Шу, который есть Атон”. Амон в этот период по-прежнему остаётся верховным богом пантеона, служение ему повсеместно продолжается, хотя строительство во славу Амона уже не ведётся, в то время как в Карнакском храмовом комплексе строится храм Атона. 3) Пора “ранних солнечных картушей” (у Ю. Я..Перепёлкина — “колец”) до переименования фараона в Эхнатона — 4 — 6 гг. царствования. “Строчное солнечное имя” заключается в картуши наподобие имён фараона и его жены. Столица переносится в Ахетатон. Однако до переноса столицы Амон по-прежнему не лишался служения, хотя уже во всём “уступал” Атону; но до открытого низложения Амона было ещё далеко. 4) “Ранние солнечные картуши” после переименования фараона — примерно до двенадцатого года царствования. Амон низложен, культ его повсеместно запрещен, статуи уничтожаются, имена стираются с памятников. “Преследованию” подвергаются также супруга Амона Мут и их сын Хонсу — боги Фиванской Триады. Культы всех прочих богов продолжают отправляться, гонений на них нет. 5) Пора “поздних солнечных картушей” — с двенадцатого года царствования вплоть до смерти Эхнатона. Солнце почитается под именем “Да живёт Ра, властитель небосклонный, ликующий на небосклоне в имени своём Pa-отец, пришедший как Атон” — т. е. из раннего солнечного имени изгоняются упоминания старых богов: Хора (в имени “Хорахте”) и Шу. Запрещены культы всех старых богов, солнцепоклонничество становится неистовым.
Политической причиной этого переворота была борьба фараона с фиванским жречеством, начавшаяся при Аменхотепе III. Однако, как указывает М. А. Коростовцев, “религиозный переворот Аменхотепа IV был, в сущности, чисто мировоззренческим, он не имел глубоких социальных корней. <…> Иногда приходится слышать или даже читать, что Аменхотеп IV задумал свою “реформу” как орудие ослабления влияния жречества в стране. Такое толкование противоречит фактам. И до и после Аменхотепа IV фараоны нередко конфликтовали со жречеством, но никто из них никогда и не помышлял о подобных мерах. Неугодных жрецов просто устраняли. Рассматривать переворот Аменхотепа IV как направленный в основном против влияния жречества — вульгарная социологизация истории”.
Поклонялись Атону и приносили ему жертвы во дворах открытых храмов, молитвы обращали непосредственно к самому “диску”. Изображения Атона на рельефах стел с культовыми ритуалами не связаны.
Солнцепоклоннические храмы имели вид обнесённых каменной оградой открытых дворов с длинными рядами жертвенников по обе стороны от входа. Вход, как правило, был ориенирован на восток (за исключением храма “Проводы Атона на покой”, вход которого был обращен на запад). Наиболее значительные храмы Ахетатона: 1) Большой Храм Атона (“Дом Атона в Ахетатоне”), имевший несколько составных частей: “Дом ликования Атона”, “Сень Ра жены фараоновой великой Нефертити — жива она!”, “Восходит Атон” и др.; 2) “Двор Атона” — личный храм семьи фараона, расположенный во дворце неподалёку от личных покоев Аменхотепа IV; 3) “Сень Ра” — храмы, посвященные матери Эхнатона Тии и его дочерям. Назначение этих храмов неясно; 3) “Проводы Атона на покой” — храм вечерних богослужений, где главной жрицей была сама Нефертити.
Для древнеегипетского атонизма характерны два основных признака или, точнее, два религиозных устоя. Первый из этих устоев — любовь к “земной” жизни. Культ земной жизни хотя и не был прямо противопоставлен загробному культу, но явно над ним возобладал. На ахетатонских стелах, на стенных росписях Ахетатонского дворца — всюду изображается любовь Эхнатона и Нефертити, их родительская нежность к дочерям. В ахетатонском искусстве впервые в истории Египта появляется пейзаж, прославляется красота природы. Многие залы дворца были расписаны в “пейзажном” стиле: по полу вьётся тропинка, боковые стены — заросли камыша, выше — небо, по которому летают птицы.
Вера в загробную жизнь в период атонизма не была связана с культом Осириса. Солнцепоклонники считали, что душа умершего проводит день среди живых людей, а ночью уходит на покой.