Противоборствующие силы были приблизительно равны, но монолитная и дисциплинированная армия Цезаря имела огромный опыт, а войска Помпея были раздроблены, находились вне Италии и более десяти лет не участвовали в сражениях. Кроме того, Цезарь решил воспользоваться фактором внезапности и долгое время делал вид, что собирается распустить легионы и уйти в отставку. Даже в Италию он прибыл всего с одним легионом и накануне переправы через Рубикон демонстративно устроил большой прощальный пир, чтобы ввести в заблуждение Помпея и сенат[68].
Перейдя через Рубикон, Юлий Цезарь стремительно двинулся по Фламиниевой дороге и встретил серьезное сопротивление лишь у города Корфиния, где три легиона Помпея пытались остановить его. Однако после проникновенных уговоров и многочисленных обещаний Цезаря они перешли на его сторону. Сенат и Помпей были в панике, так как набор новобранцев проводить было некогда, а вызывать войска из Африки и Испании уже поздно. 17 марта Помпей покинул Италию и перебрался в Грецию, дабы собрать там свои легионы и приготовиться к решающей битве[69]. Вместе с ним из Рима бежали многие сенаторы, опасавшиеся за свою жизнь.
1 апреля 49 года Юлий Цезарь вступил в Рим практически без всякого сопротивления и захватил государственную казну. Затем он объявил набор в армию и значительно пополнил свои войска. Понимая, что к прямому столкновению с Помпеем он еще не готов, Цезарь отправился с несколькими легионами в Испанию, чтобы разбить находившиеся там восемь легионов своего противника. В бою при Илерде 2 августа 49 года деморализованные войска Помпея, лишенные своего полководца, находившегося в Греции, сдались и перешли на сторону Цезаря[70]. Потеря восьми легионов больно ударила по самолюбию Помпея, однако в его распоряжении находились еще огромные ресурсы восточных провинций и около десяти легионов, набранных в Греции.
В конце ноября 49 года Цезарь вернулся в Рим. Он решил не ждать, пока Помпей накопит еще большие силы, а всего с шестью легионами стремительно двинулся в Грецию. В начале 48 года он высадился около города Орик и направился к Диррахию, но путь ему преградила армия Помпея. В июне, после нескольких месяцев бесплодного маневрирования, Цезарь потерпел поражение в битве при Диррахии. От гибели его спасла лишь странная нерешительность Помпея, прекратившего преследование[71].
Потрепанные легионы Цезаря отошли в Фессалию на отдых, а Помпей стал наращивать силы для решающей битвы. 9 августа 48 года войска непримиримых врагов встретились при Фарсале[72]. И хотя численность войск Помпея была почти в два раза больше, в кровопролитном сражении главную роль сыграл полководческий талант Цезаря. По сообщению Плутарха, «когда Помпей с противоположного фланга увидел, что его конница рассеяна и бежит, он перестал быть самим собою, забыл, что он Помпей Магн. Он походил скорее всего на человека, которого божество лишило рассудка. Не сказав ни слова, он удалился в палатку и там напряженно ожидал, что произойдет дальше, не двигаясь с места до тех пор, пока не началось всеобщее бегство и враги, ворвавшись в лагерь, не вступили в бой с караульными. Тогда лишь он как бы опомнился и сказал, как передают, только одну фразу: «Неужели уже дошло до лагеря?» Сняв боевое убранство полководца и заменив его подобающей беглецу одеждой, он незаметно удалился»[73]. Армия Помпея была полностью разбита, а сам он бежал в Египет, где его предательски убили 29 сентября по приказу юного царя Птолемея ХIII.
Прибыв следом за Помпеем в Египет, Юлий Цезарь был втянут в серьезный династический конфликт, вспыхнувший между Птолемеем XIII и его сестрой Клеопатрой VIL Цезарь не устоял перед чарами юной Клеопатры и влюбился в нее. В ходе разгоревшейся в 47 году вооруженной борьбы за престол Птолемей XIII был убит, а трон получила Клеопатра VII. Сам Цезарь чуть не погиб в Александрии в ходе конфликта, получившего впоследствии название «Александрийская война». Печальным итогом этой войны стал большой пожар в Александрийской библиотеке, уничтоживший десятки тысяч ценнейших книг[74].
Долгое пребывание Цезаря в Египте негативно повлияло на политическую ситуацию в Риме. Его противники вновь стали собираться с силами. Кроме того, в Африке до сих пор находились шесть преданных помпеянцам легионов, а перешедшие на сторону Цезаря испанские легионы взбунтовались и призвали к себе двух сыновей Помпея — Гнея и Секста. Наконец, боспорский царь Фарнак, сын погибшего в 63 году понтийского царя Митридата VI Евпатора, незаконно вернул себе отцовские земли, а заодно захватил огромные территории в Малой Азии.