Знакомство Петра с Меншиковым, как обыкновенно принимают, состоялось через посредство Лефорта, взявшего Меншикова к себе в услужение. Несомненно то, что Меншиков служил в Преображенском полку с самого его учреждения, несколько лет исполнял обязанности денщика при Петре и приобрёл его расположение, скоро перешедшее в тесную дружбу. С 1697 г. Меншиков неразлучен с Петром: вместе с ним совершает Азовский поход, вместе отправляется за границу и возвращается оттуда, участвует в стрелецком розыске, исполняет важные поручения; его влияние начинает перевешивать даже влияние Лефорта.
После Нарвского сражения Меншиков вместе с царём участвовал в действиях русской армии в Ингрии, причём выказал большую храбрость и недюжинные военные таланты. После взятия в 1702 г. Нотебурга он был назначен комендантом этой крепости, затем губернатором вновь завоёванных областей; в его ведение, в так называемую Ижорскую канцелярию, были переданы Петром многие общегосударственные доходы.
Талантливый и энергичный, Меншиков не останавливался ни перед чем ради удовлетворения возникавших вследствие войны нужд; его быстрые, решительные действия вполне соответствовали кипучей энергии царя; лишённый всякого, даже элементарного образования (он едва мог подписать своё имя), он пополнял этот недостаток природною сообразительностью, ещё развившейся в том ответственном положении, какое ему пришлось занимать
В 1705 г. Меншиков был вызван в Литву, где к этому времени сосредоточились военные действия, и здесь действовал сперва в качестве помощника фельдмаршала Огильви, начальствуя над кавалерией, а затем, с 1706 г., в качестве самостоятельного главнокомандующего. В том же году он одержал победу над шведским генералом Мардефельдом при Калише. Это была первая победа русских в правильной битве, и Меншиков был щедро одарён за неё. Ещё раньше, в 1702 г., он получил диплом на достоинство графа Римской империи; теперь он был возведён в сан князя Римской империи, а в 1707 г. Пётр возвёл его в достоинство светлейшего князя Ижорского.
Получив известие об измене Мазепы, Меншиков напал на Батурин, взял его приступом и жестоко разорил, перебив почти всех жителей. За Полтавскую битву Меншиков получил фельдмаршальское достоинство. До 1714 г. он принимал участие в походах русских войск за границу, в Курляндию, Померанию и Голштинию, а затем его деятельность сосредоточилась на вопросах внутреннего устройства государства, касаясь, благодаря его близости к царю, едва ли не всех важнейших государственных нужд. Наиболее усердным сотрудником Петра Меншиков являлся, однако, не столько в силу ясного сознания тех принципов, какими направлялась деятельность преобразователя, сколько в силу своекорыстных мотивов, и эти последние придали всей его фигуре особую окраску. «Полудержавный властелин», по выражению Пушкина, «дитя сердца» Петра, как называл его последний в своих письмах к нему, был страшным взяточником и казнокрадом и, несмотря на награды, в изобилии сыпавшиеся на него, увеличивал своё состояние всякими недозволенными средствами. Не довольствуясь взятками с просителей, он грабил за границей имения польской шляхты, закрепощал себе малороссийских казаков, отнимал земли у смежных с его имениями помещиков, наконец, обкрадывал казну на всевозможных подрядах.
В1711 г. Пётр впервые узнал о подобных злоупотреблениях Меншикова, а три года спустя назначена была, по доносам Курбатова, особая следственная комиссия. С той поры и до конца царствования Петра I Меншиков почти не выходил из-под суда. Многочисленные следственные комиссии раскрывали грандиозные его злоупотребления, но их разоблачения только поколебали доверие и расположение Петра к Меншикову, не лишив последнего всецело влияния и власти. Помимо сохранявшейся ещё у Петра привязанности к любимцу, помимо заступничества за него Екатерины, через него познакомившейся с Петром и питавшей тёплое чувство к первому виновнику своего возвышения, здесь могли действовать и другие соображения: в лице Меншикова Пётр дорожил одним из наиболее даровитых и преданных ему сотрудников.