Одним из первых его мероприятий было создание журнала «Временник Главной палаты мер и весов». В нем сразу же появилось исследование Дмитрия Ивановича: «О весе литра воздуха». Дальнейшие исследования, производимые в Палате, также печатались там. Не желая отрываться от налаживаемой работы, Дмитрий Иванович в 1895 г. окончательно отказался от должности консультанта военного и морского министерств и всецело отдался интересующим его вопросам русской промышленности и проверке законов Ньютона и Галилея.
Промышленности Дмитрий Иванович уделял по-прежнему много времени. Задолго до смерти Александра III, окончательно, выяснился буржуазный путь развития России. Реакция, царившая в 80-х годах тормозившая буржуазное развитие страны, окончилась одновременно с колоссальным неурожаем 1891 г. То, что замечали раньше только внимательные ученые, как Менделеев, статистики, экономисты да революционные партии, стало общим достоянием. Неурожай показал, что крестьянство разорено, что государственный бюджет покоится на самых шатких основаниях. Голод охватил 20 губерний. Все «хождения в народ» молодежи, на помощь голодающим никак не могли быть радикальной помощью. Еще и еще раз подтверждалась для Дмитрия Ивановича мысль его о необходимости внедрения промышленности в хозяйство страны. Большинство же до сих пор, по традиции не мыслило себе Россию иначе как страной аграрной и ее развитие как укрепление сельского хозяйства. Очень скоро пришлось отказаться от этой концепции, когда в начале 90-х годов появились плоды знаменитых «конверсий» Вышнеградского, фактически сводившихся к переводу русских долговых обязательств за границу. Понижение процентов, платившихся по русским государственным займам, делало бумаги невыгодными для русских держателей. Это освободило около полутора миллиардов рублей, которые и были затрачены почти всецело на промышленность. Вышнеградский был по всем своим взглядам и навыкам первым истинно буржуазным министром, в его расчетах большую роль играла международная биржа и ее колебания, чем домыслы дворянского правительства, все более утрачивавшего свою роль. Витте был во многом продолжателем. Иностранный капитал, благодаря конверсиям завоевавший главенствующее положение в России, начал с лихорадочной поспешностью строить заводы, фабрики и главное — железные дороги. Вместе с промышленным строительством и аграрным кризисом усилился быстрый рост городского пролетариата и его революционизирование. Марксизм, исторический материализм становился общепризнанной философией наиболее передовой части русской интеллигенции 90-х годов.
Дмитрии Иванович не принадлежал к этой части интеллигенции, считая себя противником марксизма и материалистической философии вообще. Равно считал ошибочным и идеализм. Себя называл «реалистом», говоря: «Реализм всегда идет против всяких наступательных войн и стремится уладить противоречия, исходя из действительных обстоятельств, в государственной же жизни — от истории. Идеалисты и материалисты видят возможность перемен лишь в революциях, а реализм признает, что действительные перемены совершаются только постепенно, путем эволюционным».
И считая эволюционным путем России развитие капитализма, Дмитрий Иванович всюду выступал идеологом протекционизма, т. е. системы покровительственных и поощрительных мер таможенного и акцизного характера, по отношению к отечественной промышленности. запретительных в отношении к внешней торговле.
Противники взглядов Дмитрия Ивановича, российские фритредеры, т. е. защитники принципа свободной торговли, выступая против него, называли его идеологию «марксистской». В этом они, разумеется, ошибались, быть может умышленно стремясь отбросить Менделеева в лагерь революций, изобразить его как «красного», и неблагонадежного профессора. При кажущейся близости некоторых положении Менделеева научному марксизму, — его политическое мировоззрение отличается коренными расхождениями с учением Маркса, о чем скажем подробнее дальше. Однако достаточно было и некоторых общих черт, чтобы возбудить против него бесконечные нападки.