Газеты писали: «Давай бог всякому заслуженному и авторитетному ученому так «проваливаться», как в конце-концов «провалился» Менделеев. Единогласно принят он в Академию всею Россиею». Действительно вся научная Россия откликнулась на забаллотирование. Все русские университеты выразили свое возмущение. В «Голосе» было помещено «коллективное заявление профессоров-химиков по поводу забаллотирования проф. Д. И. Менделеева в Академию наук», под заявлением подписалось восемнадцать таких виднейших химиков, как Н. Н. Бекетов, А. П. Бородин, Н. А. Бунге, А. А. Вериго и др. Четырнадцать членов физико-математического факультета Московского университета писали Менделееву: «Для людей, следивших за действиями учреждения, которое по своему уставу должно быть «первенствующим ученым сословием» России, такое известие не было вполне неожиданным. История многих академических выборов с очевидностью показала, что в среде этого учреждения голос людей науки подавляется противодействием темных сил, которые ревниво закрывают двери Академии перед русскими талантами». «Но пора сказать прямое слово, пора назвать недостойное недостойным. Во имя науки, во имя народного чувства, во имя справедливости, мы считаем долгом выразить наше осуждение действию, несовместимому с достоинством ученой корпорации и оскорбительному для русского общества».
Ученые корпорации считали возможным подчеркивать засилье немцев в Академии, что же оставалось делать газетам, который могли выжать из этого факта легкий и сенсационный успех.
Все выпады против иностранного, преимущественно немецкого, засилья в Академии имели за собой длинный путь развития Российского государства, заимствования западно-европейских образцов и насаждения их на российской почве. При Петре I Российская Академия наук впервые была создана под руководством немецкого ученого Вольфа и состав академиков был сплошь немецким. Русских же в Академии не было или они занимали самые незначительные места. Русской науки не существовало, не было еще и русских ученых. Первыми видными русскими академиками были Ломоносов, часто вступавший с немцами в бой, иногда даже рукопашный, и Тредьяковский. Но Ломоносовы долгое время насчитывались единицами, пополнение Академии иностранными учеными стало прочной вековой традицией, всемерно поддерживаемой и извне и внутри страны, т. к. российским монархам Академия представлялась надежной опорой на Германию, служившую образцом феодальной культуры и благонамеренной науки, устои которой всячески внедрялись в Россию германскими представителями династии.
За полтораста лет государство постепенно превращалось из феодально-дворянского в дворянско-буржуазное. Русская культура росла и борьба за нее возглавлена была буржуазией. В стране начиналось национальное движение, начиналось национальное самоутверждение. Буржуазия, чувствуя свои силы в вопросах промышленности, стремилась независимости и в вопросах культуры. Ярче всего отражала эти стремления пресса, находившаяся в руках буржуазии. На смену французским шантанам появился интерес к русской музыке, представленной «Могучей кучкой» композиторов, культивировавшей русский песенный лад, на выставках большим успехом пользовались «передвижники», демонстративно отколовшиеся от второго оплота феодальной императорской культуры — Академии художеств и работавшие над русской жанровой тематикой взамен пасторальной, библейской и мифологической, царивших в Академии художеств. Понятным продолжением этих стремлений являлось желание иметь своих, русских ученых в своей, русской Академии наук.
Дмитрий Иванович, учитывавший обстановку яснее, чем многие другие, ответил ректору Киевского университета, пославшему протест против забаллотирования Менделеева: «Душевно благодарю вас и совет Киевского университета. Понимаю, что дело идет об имени русском, а не обо мне… Посеянное на поле научном взойдет на пользу народную».
Все русские университеты последовали примеру Киевского университета. За границей тоже поднялась волна протеста, множество иностранных университетов и ученых обществ избрало Дмитрия Ивановича Менделеева почетным членом.
B России газета Краевского «Голое» предложила открыть подписку на премию имени Менделеева для награждения выдающихся исследователей в области естественных наук. Общество всеми силами демонстрировало свой протест. Забаллотирование Менделеева оказалось национальным событием, перехлестнувшим рамки академических интриг. Активнее всех протестовали профессора Петербургского универсятета, сами страдавшие от отношения Академии к русским ученым. Бутлеров приводит характерный разговор, бывший у него с непременным секретарем Академии: «Вы хотите, — заявил секретарь, — чтобы мы спрашивали позволения университета для наших выборов. Этого не будет. Мы не хотим университетских. Если они и лучше нас, то нам их все-таки их не нужно. Покамест мы живы — мы станем бороться».
В честь Менделеева профессора, товарищи его по университету, устроили торжественный обед, который предложено было ежегодно возобновлять.