В последних числах декабря Менделеев по совету Воскресенского пишет два прошения о продлении срока научной командировки — в совет физико-математического факультета и попечителю Санкт-Петербургского учебного округа. В них, несмотря на жанр, ученый высказывается «с последней прямотой»: в России тяжело заниматься наукой, все достижения известных русских химиков сделаны ими почти исключительно но время пребывания за границей (в списке примеров первым был указан Александр Абрамович Воскресенский, что свидетельствовало о полном отсутствии у автора дипломатических способностей). В числе проблем российской науки Менделеев называет также недостаток времени и пособий. Нет также хороших механиков — в Европе необходимый прибор изготавливается без промедления, а в России заказать его не у кого, а заказанное за границей годами не вырвешь у таможни. В России исследователь вынужден сам делать всю, даже самую грубую подготовительную работу; власть препятствует созданию домашних и частных лабораторий, принуждая ученых работать в неудобных казенных лабораториях. Какая, вопрошал Менделеев, будет польза от того, что он в разгар исследований бросит в Гейдельберге отличную лабораторию и запас высококачественных препаратов? Тем более что на факультет сейчас взят доцент Соколов, и вместе с профессором Воскресенским они вполне обеспечивают преподавание курса химии… Официального ответа от попечителя округа он так и не получил. Второе же прошение совет факультета поддержал, но ректор удовлетворить отказался. В связи с этим моральное состояние Менделеева было столь подавленным, что вызвало беспокойство его близких друзей. «Милый друг мой Менделеев! — писал из Парижа расстроенный Савич. — Неожиданно скорый отъезд ваш в Россию и грустное письмо Ваше произвело на обоих нас (на Бородина и на меня) тяжелое впечатление. Жалеем от души, что надежда остаться еще год за границей не сбылась; я, на основании того, что писал Вам Воскресенский, почти был уже уверен, что если и не на целый год последует Вам отсрочка, то, по крайней мере, на несколько месяцев. Естественно, что эта неудача, как и вообще всякая обманутая надежда, неприятно подействовала на Вас, но, мне кажется, Вы напрасно так унываете, помышляя о том, что предстоит Вам в России, друг мой. Конечно, могут быть, вероятно, и будут кое-какие неприятности, да уж верно не так, как Вы их себе рисуете при настоящем тяжелом настроении духа…»
Накануне нового, 1861 года Дмитрий Иванович решил вести дневник, для чего купил небольшую, в оливковом коленкоре, записную книжку. Книжка хотя и была предназначена для личных записей, предлагала их определенную направленность. На ней имелся печатный заголовок Badischer Gesch"aftskalender (Баденский деловой календарь). В начале и конце книжки был помещен справочный материал о гражданском устройстве Баденского герцогства и всей Германии, а ее основная часть представляла собой ежедневник. На внутреннюю сторону обложки, под маленьким табель-календарем, Менделеев поместил большую французскую цитату из «Вальведра» Жорж Санд о том, что объекты в науке не возникают неожиданно: они могут сверкнуть в открытиях в виде фактов, которые, прежде чем им довериться, должны быть основательнейшим образом установлены, либо в виде идей, выведенных из созерцательной логики. Еще ниже была сделана другая запись:
Отрывок из стихотворения Тютчева писался по памяти, поэтому был частично перефразирован. Дальше молодой Менделеев поместил несколько выведенных для себя жизненных правил и научных установок: