При всей «взрывоопасности» Дмитрия Ивановича сотрудники, жившие с ним «на одной волне», могли рассчитывать на благожелательную оценку их поступков. Такие были способны, например, войти без стука в его кабинет и вынуть у него из-под локтя нужную книгу. Хорошо знавшие Менделеева люди понимали, что если он грозится уволить кого-то из отсутствующих, например, своего ближайшего советчика и заботливого друга Василия Дмитриевича Сапожникова, заваленного у себя на даче бесконечной корректурой менделеевских трудов, то это не означает, что управляющий действительно хочет избавиться от сотрудника, а просто ему сейчас очень не хватает именно этого человека. И действительно, стоило Сапожникову показаться, как гнев и угрозы испарялись без остатка:
Нужно сказать, что несколько пристрастное отношение Менделеева к упомянутому саратовскому персонажу, бывшему преподавателю младших классов Гатчинского сиротского института Н. Г. Неклюдову, было во многом связано с умением и готовностью того подолгу играть в шахматы. Во время его приездов в столицу Дмитрий Иванович всегда приглашал его к себе на обед, после чего они надолго усаживались за шахматной доской. Любовь Менделеева к древней игре к этому времени всё больше напоминала безумную страсть. Он вел охоту на шахматистов. Едва придя на работу, Дмитрий Иванович мог сразу заняться поиском партнера для игры на грядущие вечер и ночь.
Шахматные способности сотрудника могли в корне изменить его судьбу. Так, например, произошло с А. М. Кремлевым, которого Менделеев вначале отчего-то сильно невзлюбил (поговаривали, что за малый рост — Дмитрий Иванович с подозрением относился к низкорослым) и собирался перевести куда-нибудь подальше в провинцию. Ситуация для Кремлева была тем более обидной, что он был истинным и преданным почитателем Менделеева. Выручил его Младенцев. Как-то во время доклада Менделееву (а вопрос о переводе Кремлева был уже решен, дата и место назначения определены) он будто ненароком обмолвился, что Кремлев играет в шахматы. В тот же вечер опальный сотрудник был приглашен в гости, и вскоре между ними завязались удивительно теплые и мягкие отношения. Благодарный Кремлев был счастлив играть с обожаемым Дмитрием Ивановичем всю ночь до утра и уходил только после того, как его партнер сам вставал из-за стола. Тут он был абсолютным рекордсменом, поскольку прежний чемпион К. Н. Егоров хотя тоже мог сидеть за шахматной доской очень подолгу, но в конце концов не выдерживал и первым прекращал игру, предлагая недовольному хозяину подумать о сне. Блюмбах выдерживал только до трех часов ночи. Следующим по силе шахматным марафонцем был художник Архип Иванович Куинджи. Далее шли А. И. Горбов, С. П. Вуколов, Ф. П. Завадский, друг молодости Менделеева А. И. Скиндер и принятый по рекомендации редактора-издателя «Шахматного журнала» А. К. Макарова на место Скиндера после его безвременной смерти А. А. Ржешотарский. Таким образом, Кремлев не только остался в Главной палате, но и подружился со своим кумиром. Вскоре он даже был допущен к святая святых — корректуре 8-го издания «Основ химии». В дальнейшем Менделеев причислял его к самым близким людям и даже подарил свой портфель с трогательной гравировкой.