В 1893 году на Охтинском заводе была создана комиссия, которая пришла к противоречивому заключению, что, во-первых, пироколлодий практически ничем не отличается от охтинского пироксилина, а во-вторых, нужны очень продолжительные испытания, чтобы установить его преимущества. Начавшиеся споры и дрязги будут тянуться до Русско-японской войны и закончатся полным прекращением производства бездымного пироколлодийного пороха. Дмитрий Иванович сражался за свое детище до 1895 года, после чего отказался от должности консультанта Морского министерства и от всех прав на полученные под его руководством результаты. Один из его сотрудников, талантливый инженер С. П. Вуколов, по этому поводу написал: «Объяснение до крайности простое. В глазах тогдашних деятелей порохового дела… у Д. И. был крупный недостаток: он был штатский человек, не военный, не имевший штампа высшей артиллерийской школы. Они не могли переварить, когда этот чужой их среде человек со всей горячностью своей натуры говорил о горении пороха в канале орудия, о причинах ненормальных давлений при стрельбе, приводящих к разрыву орудий, когда он говорил о недостатках их пороха (пороха французов), указывал на однородность, предельность пироколлодийного пороха».
Пока русские военные чиновники перебрасывали друг на друга ответственность за судьбу менделеевского пороха, вокруг него разворачивалась еще одна, на этот раз действительно авантюрная, шпионская история. Несмотря на то, что проект был засекречен, добыть его результаты не представляло труда для иностранцев (вспомним, например, справочник «Весь Петербург» или тот факт, что Охтинским заводом какое-то время руководил французский подданный). Доступ к рецепту и способу производства пироколлодия без особого труда получил и военно-морской атташе Североамериканских Соединенных Штатов лейтенант Бернадоу, который в 1895 году (тогда же, когда Дмитрий Иванович отказался от своих прав в пользу русского военного флота) оформил патент на американский бездымный пироколлодийный порох. О том, как он добыл эти сведения в стране русских медведей, лейтенант совершенно открыто рассказал в одном из своих выступлений в американском военно-морском колледже.
В России этот факт не вызвал никакого резонанса и не оказал влияния на «пороховой спор». Зато после начала Первой мировой войны русские генералы заглянули в свои пороховые погреба, увидели, что надежного пороха у них нет, и тут же нашли выход в многомиллионных закупках американского пороха, «изобретенного» бравым лейтенантом Бернадоу, к огромной радости американских производителей и, естественно, собственному удовольствию.
Тут можно было бы поставить точку в истории с украденным порохом, но мешает еще один «факт», содержащийся в уже упомянутом томе «Очерков истории российской внешней разведки». Оказывается, будучи в Америке по нефтяным делам, Дмитрий Иванович выполнил еще одно «деликатное» поручение — вызнал технологию производства американского бездымного пороха, которая в свое время помогла ему разработать свой, пироколлодийный. То есть в целях утверждения профессиональных ценностей всё поставлено с ног на голову: на то она и Америка, чтобы туда проверенных людей с секретными заданиями посылать. И вообще, добыть, вывезти и применить на родине престижнее, чем получить в результате самостоятельных исследований, тем более что собственные разработки могут выкрасть иностранные спецслужбы. Это, собственно, и произошло — успех украли. Известно, что секретом менделеевского пороха интересовались не только американцы. В воспоминаниях О. Э. Озаровской упоминается о попытке подкупить руководителя пороховой лаборатории И. М. Чельцова. После ухода некоего визитера разгневанный Иван Михайлович сообщил Озаровской, что только что французы предложили ему миллион франков за состав и способ производства пироколлодийного пороха. Тут же Чельцов отправился к Дмитрию Ивановичу и поведал ему о случившемся. Как реагировал на эту новость Менделеев, можно только предполагать. Но хорошо известно, что он много раз писал о необходимости режима секретности и делился предчувствиями, что в конце концов его порох выкрадут иностранцы.