К началу серии опытов с мадам Клайер ситуация буквально накалилась. Спириты готовились торжествовать победу, антиспириты собирались ни в коем случае не допустить мошенничества. 13 февраля 1876 года на сеансе в доме Аксакова помимо медиума и обычных участников присутствовали писатели Ф. М. Достоевский, Н. С. Лесков и П. Д. Боборыкин. С самого начала «секунданты» Клайер стали настаивать на использовании простого стола. Кроме того, лишь трем членам комиссии разрешено было находиться в одной комнате с медиумом, остальных не только выдворили в соседнее помещение, но и запретили им даже оттуда делать наблюдения. И во всём остальном, как писалось в протоколе заседания, «сеансы… обставляли условиями, устраняющими удобства наблюдения, ставя медиума в условия полной свободы бесконтрольных действий». Тем не менее «один раз было прямо замечено, что госпожа Клайер подвела свою ногу под ножку стола». С большим трудом стоило усадить мадам медиума за манометрический стол, «при этом не было замечено ни качания, ни поднятия этого стола». Во время сеанса за столом конструкции профессора Петрова «этот последний ни разу не качался и не поднимался». До остальных приборов дело вообще не дошло.
Вскоре Бутлеров, Вагнер и Аксаков отказались посещать заседания комиссии (они, правда, сделали еще одну попытку сотрудничества, прислав описание и даже фотоснимки массового явления человеческих фигур среди бела дня, случившегося на американском континенте, на ферме братьев Эдди, но комиссия сочла их обманом), а состоятельная мадам Клайер перестала участвовать в споре русских ученых, найдя себе в Петербурге более приятные занятия. Бутлеров чувствовал себя униженным и подавленным, члены же противоположного лагеря были возмущены нетерпимостью спиритов к любой попытке объективно исследовать предъявленные чудеса. Комиссия завершила свою работу, придя к заключению: «…спиритические явления происходят от бессознательных движений или от сознательного обмана, а спиритическое учение — есть суеверие». Председатель комиссии, мягкий и деликатный профессор Ф. Ф. Петрушевский (впрочем, ничуть не более мягкий и деликатный, чем оказавшийся его противником профессор А. М. Бутлеров), не выдержал и дописал от себя: «…я не мог бы еще раз приступить к занятиям такого рода без чувства отвращения и даже унижения; так вся требуемая сторонниками спиритизма обстановка этих занятий странна, деспотически подавляет свободную пытливость и вообще бесконечно далека от того, чего требует точная и гласная наука».
Писатели и журналисты, втянутые в эту скандальную историю, писали о спиритизме довольно скептически, избегая категорических утверждений, но при этом весьма недвусмысленно обвиняли Менделеева и его товарищей в предвзятости и разжигании вражды к спиритам. «…В нашем молодом спиритизме, — высказался Достоевский в мартовском выпуске «Дневника», — заметны сильные элементы к восполнению и без того уже всё сильнее и прогрессивнее идущего разъединения русских людей». Взяв спиритов под условную защиту, Федор Михайлович не находил никакого оправдания Менделееву и его товарищам, заявив (чуть раньше, по следам сеанса 13 февраля): «Я думаю, что кто захочет уверовать в спиритизм, того ничем не остановишь, ни лекциями, ни даже целыми комиссиями, а неверующего, если он только вполне не желает поверить, — ничем не соблазнишь…»
Менделеев также очень энергично выступал устно и в печати по поводу завершения работы комиссии, но, читая его тексты сегодня, за их всегдашней сложностью и многословностью явственно ощущаешь некоторую растерянность автора от того громадного и непредсказуемого резонанса, который получила эта история. Он хотел помочь близкому человеку, «поскользнувшемуся» на мистицизме, а вместо этого нанес ему тяжелую обиду. Он хотел выполнить свой долг ученого и показать обществу мошенническую сущность медиумов, а вместо этого довел до истерики их поклонников и возбудил к мошенникам еще большее сочувствие. Но самое главное, он обнаружил, с какой легкостью русское образованное общество готово безоглядно идти на раскол, даже по такому далекому от политики и вообще от жизни поводу, и что доводы науки в ряде случаев не имеют никакого значения — недаром же подходящие случаю стихи Якова Полонского с одинаковой горячностью цитировали обе стороны. И он тоже их цитировал:
И еще Менделеев увидел, каким огромным может быть число заблуждающихся.