Менделеев, еще недавно восторгавшийся бурлящей Италией, конечно, не мог не сочувствовать одухотворенной студенческой толпе. Он тоже хотел верить, что в России наступает новая эпоха, он ее приветствовал, но одновременно точно знал, что сам витийствовать не должен и не будет. Противостояние приобретало всё более крайние, претящие ему формы. Правительство и не думало договариваться с бунтарями. Вскоре уже никто не помнил причин конфликта: студенты потребовали то ли побыстрее рассматривать жалобы, то ли снизить плату за обучение. Дело было совсем в другом, неизмеримо более значимом, но в чем же именно? Вечерами Менделеев лихорадочно, страница за страницей, исписывал свой когда-то мирный «гейдельбергский» дневник картинами тревожных событий, ища их суть и смысл, и с каждым днем всё более укреплялся в мысли о том, что необходимо успокоить горячих студентов, уберечь их от жертв и крови. Чего, в самом деле, можно было ждать от военного начальства, которому правительство полностью развязало руки?
«Их не спросят, чего они хотят, их не будут слушать, им только велят, ударивши 3 раза в барабан, разойтись, и потом, по воле начальника военной силы, какое хотят оружие, то и употреблять, и ответственности нет никакой. Ужасные дела. Невероятно, как это прошло через руки министров и государя в наше время. Печаль, тоска, омерзение».
Он искал умеренную «партию» и не мог ее найти. Кто-то из профессоров поддерживал студентов, кто-то — правительство, кто-то равнодушно ждал развития событий. К Менделееву приходили с петициями об освобождении арестованных студентов. Он подписывал. Студентов всё равно не отпускали. Вскоре ими была заполнена вся Петропавловская крепость, на стенах которой какой-то смельчак вывел большими буквами: «Петербургский университет». Дмитрия Ивановича приглашали вместе с другими профессорами к министру. Он не ходил. Сделал попытку уйти в отставку — ректор Срезневский, слава богу, не принял заявление. Менделеев записал в дневнике:
«Обуяет внутри мерзость какая-то. Видишь себя бессильным, слабым… отчаяние берет. Режут, топчут — сила физическая велика их, наша ничтожна, мало будет за них (студентов
. — М. Б.), и чем больше будем толковать, тем больше делу прогресса повредишь. Надо молчать и дело делать, надо нравственную силу увеличивать, а не выбалтываться — на то много силы тратится. Жаль — России грозит опять надолго темень…»Манифестации и столкновения продолжались до середины декабря. 20-го числа университет закрыли, и Менделеев вместе с группой других профессоров был выведен за штат.
Сразу после этого события Дмитрий Иванович оказывается в числе самых энергичных организаторов свободного лектория в Таврическом дворце и училище Святого Петра (
Petris-chule). Вместе с ним публичные лекции начали читать многие университетские профессора и ученые из других вузов. Несмотря на сугубо предметное содержание, лекции, безусловно, носили некий отпечаток фронды и воспринимались начальством без удовольствия. Министерство просвещения в это время вело двоякую политику в отношении университетских преподавателей: с одной стороны, стремилось выдавить из аудиторий и общественной жизни наиболее неприятных для себя профессоров (например, за одну лишь попытку высказаться по поводу происходивших событий был арестован один из активных участников лектория профессор П. В. Павлов), с другой — пыталось сохранить лояльность «тяглового» профессорского корпуса. Видимо, поэтому выведенным за штат преподавателям сохранили денежное содержание вплоть до пересмотра устава университета и вообще старались обращаться с ними поласковее, даже сняли препоны против длительных научных командировок в Европу. Что касается студентов, которым было предложено искать место в других университетах, то они уже валили из России толпами — только теперь не за наукой, а за политической свободой. Лекторий (иногда он именуется Вольным университетом) просуществовал всего месяц и был закрыт в знак протеста против ареста П. В. Павлова.