Несмотря на вернувшееся зрение, место директора гимназии Иван Павлович потерял навсегда. Не нашлось для него и учительской должности. С этих пор он помогал семье лишь скромной пенсией, подработкой в качестве корректора да посильным участием в ведении фабричных дел, насколько позволяло здоровье (он стал прихварывать легкими). Взять на себя управление Аремзянским заводом Иван Павлович был просто не в состоянии — дело требовало купеческого таланта, которого он, учитель и сын священника, был полностью лишен. Зато он, сколько мог, занимался детьми, которые его очень любили. Он никогда не ругал и тем более не бил их, а лишь печалился и огорченно подпирал лоб рукой. Этот вид «наказания» настолько отрезвлял шалунов, что они тут же брались за дело, благо обязанности по дому были у каждого.
В 1839 году Иван Павлович и Мария Дмитриевна выдали замуж вторую дочь, Екатерину, разумницу и главную свою помощницу. Катиным супругом стал хороший человек Яков Семенович Капустин, советник Главного управления Западной Сибири. Молодые уехали в Омск, оставив Менделеевым добротный и удобный капустинский дом. Последнее обстоятельство делало стоящий перед семьей выбор еще более мучительным. Поля уже была взрослой девушкой, быстро подрастала Маша. Ничего, кроме домашней работы, девочки не видели. И сыновей, Пашу и Митю, выросших среди аремзянской детворы, пора было готовить в гимназию. Митя, бывший по возрасту на два года младше брата, никак не уступал ему в развитии, проявлял прекрасные способности в счете и чтении. Иван Павлович договорился, что Митю возьмут в первый класс «вольнослушателем» вместе с братом — так он будет меньше предоставлен самому себе. В общем, ситуация требовала возвращения семьи в Тобольск. Но Василий Дмитриевич Корнильев был категорически против передачи завода в руки наемного управляющего. Оказалось, что его родственные чувства вполне могут уживаться с трезвым хозяйским расчетом. Брат пропускал мимо ушей все жалобы Марии Дмитриевны и отвечал, что раз сам он добывает свой хлеб в трудовом поту, то и от нее вправе требовать того же. В любой другой помощи, несмотря на все намеки сестры, богатый родственник решительно отказывал. Единственное, что он сделал сверх того, что передал сестре для прокорма опутанную долгами отцовскую фабрику, состояло в том, что Василий Дмитриевич взял к себе в дом и определил в дорогой Благородный пансион любимого племянника Ивана. (Забегая вперед нужно сказать, что благодеяние это окончилось весьма плачевно. Но об этой беде чуть позже.) В конце концов Мария Дмитриевна решается на отчаянный шаг: оставив за собой ведение всех конторских счетов и принятие главных решений, она нанимает управляющего и перевозит семью в Тобольск.
Новый дом Менделеевых, красивый, на высоком фундаменте, украшенный затейливой резьбой, находился на Большой Болотной улице. К дому примыкал большой двор, огороженный высоким сплошным забором и дававший предостаточно места для мальчишеских игр. Нужно сказать, что в Тобольске ребята стали меньше играть в казаков-разбойников. То ли из-за удаленности от привычного аремзянского окружения, то ли из-за близости огромной, перевезенной из старого дома, родительской библиотеки, но вскоре любимейшей игрой братьев становится игра в индейцев. Мальчишки играли взахлеб, забывая обо всем на свете, пока мать или сестры, оглушенные «индейскими» воплями, не забирали их в дом. Восторженная любовь Мити к Фенимору Куперу не пройдет уже никогда.
И в старости, будучи мировой знаменитостью и властителем дум, он будет читать и перечитывать книги о приключениях любимого своего Зверобоя, о смертельно опасных приключениях на берегах и водах великого озера Онтарио. Кроме игры в индейцев, в которой Митя неизменно хотел быть траппером (американским охотником на пушного зверя), ему нравилось играть в учителя. Собрав соседских детей, он вооружался указкой и громко стучал ею по ящику, «вколачивая» в головы оробевших «учеников» какие-то важные, пока ему самому не ведомые, но совершенно явные, обязательные к пониманию вещи. Настолько важные и обязательные, что одна мысль, что их посмеют не понять, совершенно выводила из себя. Наверное, поэтому первые лекции Менделеева часто заканчивались дракой.
Родители смогли перевести дух. Конечно, Мария Дмитриевна целыми днями занималась готовкой, стиркой, уходом за домом и работой с конторскими книгами. Но зато она теперь могла всё же больше времени уделять детям. Мальчишки обожали долгожданные вечерние часы, когда мать читала им вслух Пушкина, Жуковского, Гоголя, Вальтера Скотта, а также Библию, до которой была большая охотница, и всё, что находила для них в очередном номере «Отечественных записок».