В то же время статья совершенно обходила вопрос о смерти, который занимал Менделеева с молодых лет. Он не боялся размышлять о том, о чем большинство людей старается не думать, поскольку их страшит даже самое туманное представление о роковом мгновении, не говоря уже о попытках заглянуть «за черту». О том, в каком направлении двигались его мысли, можно узнать из воспоминаний родственника и бывшего студента Дмитрия Ивановича И. Д. Кузнецова. Они встретились на Волковом кладбище на похоронах сестры Менделеева Екатерины Ивановны Капустиной. Дело было поздней осенью, с голых ветвей падали тяжелые капли воды, с неба сыпал тяжелый мокрый снег. Дмитрий Иванович не пошел на литургию, он стоял рядом с церковью в тяжелой меховой шубе с папироской в руке. Разговор сначала не клеился, потом Менделеев пригласил родственника к расположенной рядом могиле сына. И здесь старый ученый дал волю своему неутолимому отцовскому страданию. Он говорил о том, какой здоровый организм был у Владимира, ругал врачей… Потом он замолк. И вдруг, как это часто бывало на его лекциях, Дмитрий Иванович бодрым и свежим голосом заговорил на тему вечной жизни. Он рассказал о письме, которое получил от одного незнакомого американца. Тот писал, что он очень уважает его за ученые заслуги, и делился своим горем: у него недавно умер самый близкий друг, и теперь он думает о том, сможет ли встретиться с ним в загробной жизни. «Письмо было так искренне, что я не мог не ответить… Я писал так: «Воспитанный в духе православия, я хорошо знаю, что говорит христианская церковь о загробном существовании. Но Вам я отвечу не так, как меня учили, скажу свое откровенное мнение по этому предмету. Все явления, в окружающем нас мире, можно отнести к одной из следующих трех категорий: явления соотношений материи, энергии или силы — и духа. Сколько ни пытались подвести явления последней категории к явлениям хорошо известных нам соотношений материи и силы, это не удавалось; а потому мы должны выделить особо явления духовные. Все позитивные науки, в области которых я вращался в течение всей своей сознательной жизни, убеждают меня — твердо и непоколебимо — в том, что ни материя, ни силы не пропадают; они вечны, хотя и подвержены постоянным изменениям. Основываясь на простой аналогии, мы необходимо должны признать, что и явления духа так же вечны. Вот мое откровенное мнение по вашему вопросу… судить о том, встретитесь ли Вы с Вашим другом за гробом, я не берусь; предоставляю решение этого вопроса вашему усмотрению»». В дальнейшем разговоре Дмитрий Иванович критиковал христианство за понятие об индивидуальном бессмертии — объяснял его «самообольщением классицизма»; рассказывал о своих беседах с английским епископом в Кембридже и с выдающимися русскими священниками, которые говорили, что христианство должно подвергаться эволюции и в этом смысле нельзя идти на поводу у «мало просвещенных духовных лиц». Кузнецов хорошо запомнил эту лекцию среди могил, особо отметив фразу, многократно повторенную Менделеевым: «О, если бы кому-нибудь удалось, хотя отчасти, выяснить связь и соотношение между явлениями материи и духа! Тогда бы мы всё поняли и всё познали!»