В другой рукописи, списке, сделанном писарской рукой, сохранились следы поправок Пушкина, начатых, видимо, с целью смягчить указанные ему выражения. Слово «кумир» Пушкин заменил словом «седок» и в четверостишии о «померкшей Москве» восстановил первоначальный вариант второго стиха («Главой склонилася Москва»). Однако до конца Пушкин своих поправок не довел и предпочел отказаться от печатания повести. «Поэма Пушкина о наводнении превосходна, но исчеркана (т. е. исчеркана цензурою), и потому не печатается», – писал кн. П. Вяземский А. И. Тургеневу.
При жизни Пушкина из «Медного Всадника» был напечатан только отрывок «Вступления» под заглавием «Петербург». По смерти Пушкина повесть была напечатана с поправками Жуковского, по-своему смягчившего все спорные места. Долгое время Россия знала одно из значительнейших созданий Пушкина только в искаженном виде. Исправление текста по подлинным рукописям Пушкина, начатое Анненковым, продолжалось до последнего времени. Подлинное чтение стихов о «кумире» восстановлено только в издании П. Морозова 1904 года. Однако некоторые стихи только в настоящем издании впервые появляются в том виде, как их написал Пушкин.