22 марта 1944 г. проектное бюро Мессершмитта выдало очередное добавление к спецификации от 10 августа 1943 г. Речь шла об усилении бронирования самолета, которое должно было обеспечивать лучшую защиту от огня бортовых стрелков союзных бомбардировщиков. В документах, датированных 12 мая, такое усиление отразилось в проекте Panzerflugzeug II (Бронированный самолет IIV 22 планера машин серии «S» (S — Serien, серийный) были готовы уже в феврале 1944 г., но должны были ждать двигателей. Ранней весной 1944 г. двигатели установили на первых самолетах. 28 марта взлетел построенный в Лейпхейме Me 262 S2 (VI+AG, W.Nr. 130007). Опередил он при этом своего предшественника на конвейере, Me 262 S2 (VI+AF, W.Nr. 130006), который впервые поднялся в воздух лишь только 19 апреля. В некоторых источниках можно найти обозначения этих первых двух машин как Vll (S1) и V12 (S2), причисляя их к серии прототипов. Основанием для этого является тот факт, что Me 262 SI и S2 не попали в боевые части, а использовались только для тестов. Предсерийные самолеты часто выступали в такой роли из-за больших потерь среди прототипов.
VI+AF и VI+AG участвовали в аэродинамических испытаниях. Оба получили штатное вооружение и двигатели Jumo 004B. S1 был поврежден уже в апреле и стал непригоден для тестов. Установленные на нем пушки часто давали осечки, почему была изменена система подачи боезапаса. Me 262 S2 был первым «швальбе», изготовленным в Лейпхейме. 25 июня 1944 г. пилотируемый Гансом Герлициусом (Herlitzius) Me 262 достиг скорости 1004 км/час при пикировании под углом 20–25? с высоты 7000 м. Это был второй — после Me 163 Komet — самолет, преодолевший барьер 1000 км/час. Указатель в кабине пилота показал скорость 985 км/час, но с поправками на температуру воздуха, скорость и направление ветра и т. п. получили действительную величину. Машина была специально подготовлена к этому полету: демонтированы вооружение и ненужное оборудование, а фонарь кабины заменен на специальный образец с низким силуэтом, который потом получил Me 262 V9 в рамках программы HG 1.
Последней машиной-прототипом стал облетанный 15 апреля 1944 г. Me 262 V10 (VI+AE, W.Nr. 130005). Также это был последний самолет, построенный в Хаунштеттене. Кабина и топливные баки у него были забронированы. Первые тесты, проведенные на нем, относились к новой системе управления, облегчающей пилоту контроль над машиной при полетах на больших скоростях. Традиционная ручка управления в этих условиях была неэффективной из-за больших нагрузок на рули. Вспомогательное оборудование состояло из цилиндра, закрепленного на полу кабины, в котором вверх и вниз передвигалась ручка. К её нижнему концу крепились рулевые тяги. Система сокращала усилия, передаваемые на элероны, уменьшая их отклонение с 22o до 18o.