Следующая сцена проникновения в человеческое тело, пожалуй, самая тревожная в фильме. После того как Нео берет предложенную Морфеусом таблетку «истины», ему открывается ужасающая картина подлинного человеческого существования. Он видит бесчисленное множество обнаженных тел, чья жизнь искусственно поддерживается в своего рода плодных мешках уродливыми, похожими на насекомых машинами-«кор-милицами». В каждого человека введено множество трубок, через которые (предположительно) осуществляется питание и удаление отходов жизнедеятельности. Их безволосые розовые тела, утыканные черными кабелями, выглядят отвратительными и уязвимыми. Пока Нео с ужасом осматривается, машина-насекомое готовится «смыть» его, отключая кабели, опутывающие его тело. Пародируя рождение, Нео проваливается в скользкую трубу.
После освобождения Нео подвергается более мягкому, аккуратному проникновению. Мы снова видим полуголое тело Киану, лежащее на столе. В него введено множество изогнутых игл, похожих на те, что используются при акупунктуре. Безмятежность и благостность этого проникновения подчеркивается звучащим в саунд-треке хоралом, похожим на религиозное песнопение. Морфеус объясняет, что Нео необходимо восстановление, так как его мышцы атрофировались из-за бездействия. Вот бы всем нам так спокойно спать, пока иглы укрепляют наши мышцы!
В фильме Нео настолько уникален, что способен изучать новое мгновенно и без особых усилий. (Речь о физических вещах — у недалекого и наивного Киану уходит какое-то время на осознание того, что он «Избранный», спаситель, который освободит человечество из Матрицы.) Знания и навыки быстро передаются посредством мгновенного программирования, или «загрузки», искусным, достойным и обаятельным членам небольшой команды революционеров Морфеуса. Для этого необходимо воткнуть большую «вилку» в порт, расположенный позади на шее обучаемого. Поэтому в следующей сцене проникновения больше насилия: когда коннектор резко вводится в отверстие в его шее, Нео выглядит испуганным. Он обретает новые навыки через симуляцию физических тренировок, сложным образом передаваемых его телу, и это утомляет его и даже причиняет боль. Благодаря своей «психокинетике» он учится быстро, мы лишь можем увидеть, как на его теле выступает пот. На коннекторы, несмотря на всю их необычность, больше внимания не обращается и сцен введения нам не показывается. Вместо этого нам демонстрируют, как члены сопротивления ложатся в кресла, и мы предполагаем, что коннекторы просто и безболезненно проскальзывают внутрь. Это хорошие кабели, осуществляющие хорошее соединение-проникновение. Они отправляют членов команды обратно в Матрицу с новым знанием, которое позволяет, совершая невероятные прыжки, противостоять придуманным физическим законам и легко побеждать неуклюжих полицейских.
Мы подошли к последней сцене проникновения, о которой мне хочется сказать. Во время схватки с агентами в Нео входит несколько пуль. Несмотря на то что Нео «Избранный» (а, быть может, именно поэтому), ему приходится страдать и умереть. Однако он воскресает, когда Тринити (Святой Дух?) признается в любви его недвижному телу, лежащему на борту корабля, и говорит о предсказании Оракула, что она полюбит «Избранного», так что Нео не может умереть. Нео сверхъестественным образом возвращается к жизни с новой уверенностью в себе, которая пугает даже агентов. Ранее Нео демонстрировал способность уклоняться от пуль, теперь же он становится неуязвимым для них и даже может поймать пулю в воздухе.
Привлекательность нового Нео — Нео-Спасителя — в том, что он физически совершенен и чист — не подвержен проникновению. Он таков в Матрице, которую теперь может видеть насквозь. Матрица — это ней-роинтерактивный симулятор; очевидно, что некоторые симуляторы полезны, так как могут быть использованы для обучения. Находясь в симуляторе, Нео всегда выглядит привлекательнее: его волосы становятся длиннее, исчезает отверстие для коннектора, кроме того, в симуляторе он одет в свой ставший знаменитым длинный черный плащ. Получая в руки любое оружие, которое ему может понадобиться, он уклоняется от пуль агентов. Перед нами совершенный, восхитительный, незабываемый, недосягаемый и цельный Нео, не имеющий очевидных недостатков, неуязвимый или, проще говоря, не имеющий никакого отношения к своему настоящему, состоящему из плоти и крови телу. Он перешагнул через физическую реальность плоти.