Групповые занятия по отработке разнообразных оперативных и тактических задач проводились с тем, чтобы проверить умение слушателей применять на практике полученные теоретические знания, развить у них оперативное и стратегическое мышление, совершенствовать их практические навыки в управлении войсками, производстве расчетов, ведении рабочих карт, разработке оперативных боевых и отчетно-информационных документов и т. п. На групповых занятиях, особенно при отработке вопросов ведения операций, стал шире применяться метод военной игры.
Для совершенствования навыков штабной службы и искусства управления войсками с применением новых технических средств в академии была создана специальная лаборатория, переименованная в последующем в учебный командный пункт. Занятия здесь проходили в обстановке, приближенной к действительной. Для оперативно-стратегических расчетов, сбора информации и передачи приказов и распоряжений слушатели могли использовать многочисленные технические средства, вплоть до электронно-вычислительной машины. Кроме того, эти занятия прививали слушателям навыки командно-штабной работы в составе полевого управления оперативного объединения, позволяли усвоить организацию работы на командном пункте.
Во время командно-штабных учений на картах, которые также проводились на учебном командном пункте, слушатели получали навыки командно-штабной работы при организации и ведении операций. Оперативные замыслы таких учений утверждались начальником академии.
В академии обращалось большое внимание на связь теоретической учебы с практикой боевой и оперативной подготовки войск и штабов. С этой целью слушателей первых курсов (обычно в конце учебного года) стали привлекать на командно-штабные и войсковые учения и маневры, проводимые Министерством обороны, Генеральным штабом, главнокомандующими видами Вооруженных сил, командующими военными округами и флотами. На этих учениях слушатели под руководством преподавателей выполняли, как правило, обязанности оперативных работников в штабах фронтов и армий.
В 1956 году Генеральный штаб провел двухстепенное командно-штабное учение на картах с руководящим и профессорско-преподавательским составом нескольких военных академий с целью отработки вопросов взаимодействия всех видов вооруженных сил и родов войск в условиях применения атомного оружия.
С целью изучения преподавательским составом ядерного оружия читался курс лекций по ядерной физике, демонстрировались кинофильмы, проводились семинары и другие занятия. Кроме того, для преподавателей регулярно читались лекции но новым вопросам боевого применения и перспективам развития родов войск и видов вооруженных сил, различным видам обеспечения боевых действий. С такими лекциями обычно выступал руководящий состав Министерства обороны, главных и центральных управлений, главных штабов видов вооруженных сил.
Ежегодно в летне-осенний период значительная часть преподавателей участвовала в войсковых и командно-штабных учениях и маневрах, организуемых Генеральным штабом, главнокомандующими видами вооруженных сил, командующими военными округами и флотами, а также в окружных военно-научных конференциях. Особенно широко эта форма совершенствования знаний преподавателей стала применяться с началом изучения войсками ядерного оружия и способов боевых действий в условиях его применения. В 1956 году в этих мероприятиях приняло участие более 200 преподавателей академии. Отчеты об учениях и конференциях обобщались и глубоко изучались всем профессорско-преподавательским составом.
Участие в учениях и маневрах, стажировка в войсках способствовали закреплению и углублению полученных слушателями в академии оперативных и военнотехнических знаний, прививали им необходимые командирские и штабные навыки.
Как и прежде, большое место занимала самостоятельная работа слушателей над учебными материалами и военной литературой. На это, особенно по профилирующим дисциплинам, отводилось около половины всего учебного времени. Самостоятельная подготовка к очередным занятиям обеспечивалась минимально необходимым плановым учебным временем, предусмотренным для каждого семинара и группового занятия.
Консультации являлись одной из форм руководства работой слушателей и оказания им помощи в самостоятельном изучении учебного материала. Консультации проводились регулярно в часы самостоятельной работы и носили обычно индивидуальный характер. Если необходимо было разъяснить общие вопросы всем или части слушателей, то организовывались курсовые или групповые консультации.
Конечные результаты учебно-воспитательной работы академии проверялись на ежегодных курсовых и государственных экзаменах.
На кафедре стратегии, на ученом совете, на научных конференциях рассматривалась главная проблема — перспективы войны с применением ядерного оружия.