История публикации его автобиографии длинна, запутанна и до сих пор не окончена. Начав записи в 1870 году, он периодически продолжал их в 1877,1885,1886,1890,1898,1904 годах, затем с 1906 по 1909-й пошли систематические диктовки с Пейном. После его смерти Пейн по завещанию был назначен литературным душеприказчиком; кроме Пейна и наследников, никто не имел доступа к архиву. Пейн издал в 1912 году собственную книгу — биографию Твена, в 1917-м — некоторые его письма, в 1923-м — сборник статей «В Европе и всюду», в 1935-м — фрагменты записных книжек; опубликовал также собственную версию романа о Сатане и ряд неоконченных твеновских рассказов. Он сгладил острые углы, не публиковал ничего чересчур (по его мнению) личного, критичного по отношению к другим людям, ничего политического и религиозного; он даже переписал «Человека, ходящего во тьме», притом что текст был еще при жизни Твена напечатан в авторской редакции. Он поступил так же и с автобиографией, которую выпустил в двух томах в 1924 году: опубликовал лишь то, что считал нужным. Он утверждал, что сделал это в соответствии с указаниями Твена, но если и существовали прямые указания на то, какие именно записи «будут восприняты только через 100 лет», о них ничего не известно. Зато известно откровенное письмо Пейна в «Харперс» в 1926 году, в котором говорится, что никому нельзя позволять писать о Твене, «пока мы в состоянии это предотвратить. Если мы позволим другим писать о нем, Марк Твен, которого мы знали, традиционный Марк Твен станет исчезать и меняться, и это обесценит собственность «Харперс»». Он открыто признавался, что хотел создать «канонический образ великого человека», «личность, недоступную для критики». Клара, 1926 год: «Я посмотрела на материал, отобранный Пейном, отцовскими глазами и почувствовала, что он мне словно говорит: «Предоставьте факты Пейну, а он пусть расскажет историю»».
Пейн поместил в «Автобиографию» написанные Твеном до начала диктовок рассуждения об искусстве публичных выступлений, воспоминания о детстве и юности, о Гранте, Пейдже, Роджерсе, Макфарлейне и ряде других знакомых, но исключил фрагмент о смерти Оливии (видимо, ему показалось, что «каноническому образу» негоже так убиваться по жене). Диктовки он тоже включал далеко не все. Из записей зимы — весны 1906 года было выброшено около десяти фрагментов, принципиальных — три: 1) от 16 февраля о Гулде, одном из первых американских миллионеров, известном своей беспринципностью: «Евангелие, оставленное Джеем Гулдом, свершает триумфальное шествие в наши дни. Вот оно: «Делай деньги! Делай их побыстрее! Делай побольше! Делай как можно больше! Делай бесчестно, если удастся, и честно, если нет другого пути!»»; 2) от 20 марта о Рокфеллере: богатые люди, называющие себя христианами и проповедующие «раздать имение нищим», сами ничего подобного почему-то не делают, тут же — ядовитая критика библейского Иосифа; 3) от 3 апреля — ругательства в адрес Рузвельта. Завершил Пейн книгу диктовкой от И апреля 1906 года — о первом публичном выступлении в Нью-Йорке.
Из записей, сделанных с лета 1906 по 1908 год, он не взял вообще ничего, причем непонятно, чем руководствовался, — там полно безобидных текстов. Выкинул рассказ о Лауре Райт — ну, наверное, посчитал, что «канонический образ» не имеет права на юношескую влюбленность; не взял историю написания непристойного «1601» — это понятно; отклонил воспоминания о болезнях и смерти близких — «канонический образ» не должен грустить и проклинать судьбу; убрал рассказ о неудачной речи на обеде в честь Уиттьера — не было такой речи! Но почему Пейн не включил, например, рассказы о детстве Джин и Клары, или об обедах с монархами, или рассуждения о копирайте — уму непостижимо. И при этом решился опубликовать такой фрагмент, что по сравнению с ним уже ничто не может шокировать, — от 23 января 1906 года: