Теперь суд мог связать «шесть благородных джентльменов» Бабингтона, собиравшихся «взять на себя трагическую казнь» или «порешить соперницу-узурпатора», с просьбой Марии к Бабингтону дать ей знать о том, как «собираются действовать шесть джентльменов» и когда «настанет время джентльменам взяться за работу», долженствовавшую привести к ее освобождению и восстановлению католической веры. Мария была ошеломлена тем, как глубоко Уолсингем проник в тайну ее переписки. Тут она осознала: если суд решит, что письмо было написано ею, а она хорошо знала, что судьи склоняются именно к этому, тогда ее вина окажется несомненной. Она опасалась, что всеми делами заправляет желавший ее смерти Уолсингем, «который, как она слышала, злоумышлял против ее жизни и жизни ее сына».
Мария должна была реагировать без промедления, и ее защита оказалась очень простой. Она сказала суду, что хотя письмо и вправду было написано ее шифром, этот шифр был украден у ее агентов во Франции, а письмо представляет собой подделку. Мария вполне разумно потребовала, чтобы ей показали оригиналы писем: «Если они находятся у моих врагов, почему же они их не показывают?» Уолсингему оставалось лишь кусать губы. Мария продолжала, провозгласив, что даже и не думала о гибели королевы; «и здесь она пролила множество слез». В этот момент Уолсингем улыбнулся и медленно поднялся на ноги. Он ответил: «Заботясь о безопасности королевы и королевства, я тщательно изучил все умышления против них». Мария ответила, что на шпионов нельзя полагаться, и вновь залилась слезами: «Я бы никогда не погубила свою душу замыслом убить мою дражайшую сестру».
В этот момент Уолсингем отчаянно нуждался в подлиннике черновика письма, но при его отсутствии ему пришлось перейти к показаниям Но и Кёрла. Они не появились на суде лично, но их показания зачитали. Если бы у Марии была возможность допросить эту парочку, она вполне могла бы, апеллируя к их верности, добиться хотя бы частичного отказа от показаний, но ей не оставили другого выхода, кроме как отвергнуть их свидетельства: «Величие и безопасность государей низвергается, если оно зависит от сочинений и показаний секретарей… Если они написали что-то, наносящее ущерб королеве Елизавете, я об этом не знала… Я уверена: если бы они присутствовали здесь, то очистили бы меня от всякой вины в этом деле. Если бы я располагала своими записями, то смогла бы точно ответить на обвинение».
На следующий день она вновь заявила протест по поводу своего положения, «видя, что лишена всякой надежды на свободу», и выразила надежду на то, что состоится другой суд, на котором ей будет позволено иметь адвоката. Мария также заметила, что все члены комиссии явились в зал заседаний в сапогах и костюмах для верховой езды, и пришла к справедливому выводу, что это будет последний день суда. Она начала с нападения на своих обвинителей: «То, как со мной обращаются, кажется мне очень странным. Я ошеломлена назойливостью толпы адвокатов и юристов, которые, похоже, лучше разбираются в формальностях малых судов из небольших городишек, нежели в расследовании таких серьезных вопросов, какой рассматривается сейчас. Поскольку это собрание сошлось здесь для того, чтобы обвинить меня, я требую, чтобы было собрано другое собрание, на котором я смогу говорить открыто и свободно, защищая мои права и честь, и удовлетворить мое желание доказать свою невиновность». Бёрли ответил: ее протест будет отмечен, но письма, находящиеся у Уолсингема, являются достаточным доказательством. Демонстрируя искусность правоведа, Мария указала: «Могут быть доказаны обстоятельства, но не сам факт». Далее Бёрли обвинил ее в том, что она завещала свое английское наследие Филиппу Испанскому. Мария ответила: переход короны к католику некоторым кажется «благом». Затем Бёрли сказал ей, что Морган послал Парри убить королеву. Однако связать Марию с интригами третьей стороны без всяких улик не было никакой возможности, и Мария набросилась на него: «А! Вы — мой враг!» Бёрли ответил: «Да, я — враг врагов королевы Елизаветы».